There are concerns that Reduced Emissions from Deforestation and forest Degradation (REDD+) may fail to deliver potential biodiversity cobenefits if it is focused on high carbon areas. We explored the spatial overlaps between carbon stocks, biodiversity, projected deforestation threats, and the location of REDD+ projects in Indonesia, a tropical country at the forefront of REDD+ development. For biodiversity, we assembled data on the distribution of terrestrial vertebrates (ranges of amphibians, mammals, birds, reptiles) and plants (species distribution models for 8 families). We then investigated congruence between different measures of biodiversity richness and carbon stocks at the national and subnational scales. Finally, we mapped active REDD+ projects and investigated the carbon density and potential biodiversity richness and modeled deforestation pressures within these forests relative to protected areas and unprotected forests. There was little internal overlap among the different hotspots (richest 10% of cells) of species richness. There was also no consistent spatial congruence between carbon stocks and the biodiversity measures: a weak negative correlation at the national scale masked highly variable and nonlinear relationships island by island. Current REDD+ projects were preferentially located in areas with higher total species richness and threatened species richness but lower carbon densities than protected areas and unprotected forests. Although a quarter of the total area of these REDD+ projects is under relatively high deforestation pressure, the majority of the REDD+ area is not. In Indonesia at least, first-generation REDD+ projects are located where they are likely to deliver biodiversity benefits. However, if REDD+ is to deliver additional gains for climate and biodiversity, projects will need to focus on forests with the highest threat to deforestation, which will have cost implications for future REDD+ implementation.Los Patrones Espaciales del Carbono, la Biodiversidad, la Amenaza de Deforestación y los Proyectos REDD+ en IndonesiaResumenActualmente hay preocupación por que las Emisiones Reducidas de la Deforestación y Degradación del Bosque (REDD+, en inglés) puedan fallar en la entrega de co–beneficios potenciales de la biodiversidad si se enfocan en áreas de alto carbono. Exploramos los traslapes espaciales entre los stocks de carbono, la biodiversidad, las amenazas proyectadas de deforestación y la ubicación de proyectos REDD+ en Indonesia, un país tropical a la vanguardia del desarrollo REDD+. Para la biodiversidad, reunimos datos sobre la distribución de vertebrados terrestres (hábitats de anfibios, mamíferos, aves y reptiles) y plantas (modelos de distribución de especies para ocho familia). Después investigamos la congruencia entre las diferentes medidas de la riqueza de la biodiversidad y los stocks de carbono en la escala nacional y sub–nacional. Finalmente mapeamos proyectos REDD+ activos e investigamos la densidad de carbono y la riqueza potencial de la biodiversidad y modelamos presiones de deforestación dentro de estos bosques en relación con áreas protegidas y no protegidas. Hubo poco traslape interno entre los diferentes hotspots (el 10% más rico de las celdas) de riqueza de especies. Tampoco hubo congruencia espacial consecuente entre los stocks de carbono y las medidas de la biodiversidad: una correlación negativa débil en la escala nacional enmascaró las relaciones altamente variables y no-lineales isla por isla. Los proyectos REDD+ actuales estuvieron ubicados preferencialmente en áreas con una riqueza total de especies y con una riqueza de especies amenazadas más altas pero con densidades de carbono más bajas que en las áreas protegidas y los bosques sin protección. Aunque un cuarto del área total de estos proyectos REDD+ está bajo una presión de deforestación relativamente alta, la mayoría del área REDD+ no lo está. Por lo menos en Indonesia, los proyectos REDD+ de primera generación están ubicados en donde tengan probabilidad de entregar beneficios para la biodiversidad. Sin embargo, si se espera que REDD+ entregue beneficios adicionales para el clima y la biodiversidad, los proyectos necesitarán enfocarse en los bosques con la mayor amenaza de deforestación, lo que tendrá implicaciones de costo para la implementación futura de REDD+.