Este artigo tem como objetivo expor alguns desafios decorrentes da construção e consolidação dos mestrados profissionais na área de Ensino no Brasil. Existe ainda, por parte das instituições, uma falsa percepção de que o mestrado profissional pode desaboná-las e que apenas os programas acadêmicos dão prestígio e promovem a qualificação da universidade, o que representa um equívoco. Em detrimento desta equivocada percepção, traz-se documentos como os Programas da Área de Educação da Capes que estão organizados em diferentes propostas, constituindo linhas de pesquisa específicas e dando prioridade a produção de conhecimento educacional. Por meio de pesquisa qualitativa de caráter exploratório, chega-se a conclusão de que a diversidade na identidade dos mestrados profissionais não está apenas determinada pela sua área temática, mas, fundamentalmente, pelo grande desafio de integração com rigor a pesquisa no seu processo de desenvolvimento e conseguir a aplicabilidade dos resultados para transformação da realidade estudada. A partir do exposto, consideramos que o materialismo histórico-dialético pode contribuir para o entendimento epistemológico nas investigações sobre práticas em espaços educativos, pois suas dimensões ontológicas, axiológicas e gnosiológicas integram uma filosofia da transformação, a qual visa, por meio da análise histórica e dialética da realidade, alcançar sínteses que retomem, em outra dimensão, a conhecimento inicial, e visam, em última estância, à transformação social e coletiva.