Spanish colonial rule in Peru was marked by dramatic changes to indigenous mortuary customs, bodily practices, and morbidity profiles. However, that era of transformation was not solely shaped by Spanish policies; Native Andeans creatively negotiated with those newcomers, sculpting novel practices that sometimes integrated, and other times challenged, the Spanish agenda. Theoretical perspectives on the constrained agency of indigenous communities under colonial rule and the negotiated outcomes of those colonial encounters are explored through a case study of mummy burials from the cave site of Vinchos in highland Peru and comparisons to other colonial Andean populations. We conduct osteological and stable isotope analyses, molecular assessment of sex chromosomes, and ancient mitochondrial DNA (mtDNA) analysis of the Vinchos mummies and 3,314 other HVR1 sequences from South America (haplotype network analysis). Results show that there are four adults, one child, and one fetus/infant. mtDNA analysis shows three distinct mtDNA lineages. Principal coordinate analysis shows that the Vinchos individuals are near to modern and ancient populations from the Andes; haplotype network analysis shows that one individual shares a haplotype with several geographically dispersed groups in South America, while three individuals exhibit two unique haplotypes. The data show the ongoing practice of cranial modification, the continuation of native mortuary practices, and some continuities in diet and foodways. Despite Spanish colonial attempts to eradicate indigenous practices, these multiple data sets reveal the agential capacities of Native Andeans—though constrained by colonial structures—to continue specific cultural traditions and forge novel practices while subjects of the Spanish Crown. La colonizacion espanola en Peru llevo cambios dramaticos en las costumbres mortuorias indigenas, las practicas corporales y los perfiles de morbilidad. Sin embargo, este periodo de transformacion no fue creado unicamente por las politicas espanolas. Los nativos andinos negociaron creativamente con los espanoles, desarrollando practicas novedosas que a veces integraban, y otras veces desafiaban, la agenda espanola. Las perspectivas teoricas sobre la agencia restringida de las comunidades indigenas y los resultados negociados del gobierno colonial se exploran a traves de un estudio de caso de entierros de momias del sitio de la cueva de Vinchos en las tierras altas de Peru en comparacion con otros poblados andinos. Realizamos analisis de isotopos estables y osteologicos, evaluacion molecular de cromosomas sexuales, analisis de mtADN antiguo de las momias de Vinchos y otras 3,314 secuencias de HVRI de America del Sur (analisis de red de haplotipos). Los resultados muestran que hay cuatro adultos, un nino y un feto/infante. El analisis de mtADN muestra tres linajes de mtADN distintos. El analisis de coordenadas principales muestra que los individuos Vinchos estan cerca de las poblaciones modernas y antiguas de los Andes. El analisis de la red de haplotipos muestra que un individuo comparte un haplotipo con varios grupos geograficamente dispersos en America del Sur, mientras que tres individuos exhiben dos haplotipos unicos. Los datos muestran la practica continua de modificacion craneal, la continuacion de las practicas mortuorias nativas (al menos para algunos) y algunas continuidades en la dieta y los alimentos. A pesar de los intentos coloniales por erradicar las practicas indigenas, estos conjuntos de datos multiples revelan las capacidades agenciales de los andinos nativos, aunque estan limitados por las estructuras coloniales, para continuar con tradiciones culturales especificas y forjar practicas novedosas mientras son sujetos de la Corona espanola.
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