México cuenta con una gran variedad de lagos de diferentes características y de gran importancia tanto para aspectos biológicos como sociales. El presente trabajo muestra el desarrollo de un sistema computacional para el análisis de la calidad del agua en cuerpos lacustres mediante la medición de parámetros fisicoquímicos de relevancia, como son temperatura, turbiedad y niveles de oxígeno disuelto. A través del diseño y construcción de un sistema de medición sumergible se automatiza el proceso de análisis de calidad del agua. El desarrollo de un software especializado para la gestión y medición de los datos obtenidos permite agilizar el proceso de evaluaciones de calidad del agua. Asimismo, se definen modelos matemáticos para la estimación de los parámetros de la calidad del agua a diferentes profundidades. Las mediciones experimentales realizadas se llevaron a cabo en el Lago de Zirahuén, localizado en el estado de Michoacán de Ocampo, México, debido a la importancia para el ecosistema de la localidad y a la diversidad de especies endémicas que habitan en él. Como resultado se obtiene una herramienta para facilitar la toma de decisiones con el propósito de conservar los cuerpos de agua, permitiendo realizar análisis más avanzados.