Variable loci of HA, NA and NP genes as effective RNA targets for genotyping subtypes H1N1 and H7N9

S V Buriachenko,B T Stegniy

doi:10.7124/feeo.v25.1149

Abstract

Aim. Influenza viruses are a serious pathogen of humans, animals and birds that regularly cause epidemics. Antigenic variability and reassortment of influenza A virus genes represent a high level of neonatal data, which does not allow to assess the evolutionary stability of proteins. Determination of variable HA, NA and NP gene loci of two different antigenic subtypes of the H1 and H7 influenza virus will allow the establishment of RNA targets for genotyping. Methods. An analysis of substitution of nucleotides in the encoding regions of influenza A subtype genes of various antigenic subtypes obtained from the GenBank database using the MEGA 6.0 program determined the fate of synonymous and non-synonymous substitutions in each position of multiple alignments of the coding regions of the nucleotide sequences using the BLAST algorithm. The analysis of variable locus of proteins was determined by the DISORDER algorithm. Results. Different types of mutations are found in variable locus of the studied genes. The most variable genes are HA and NA, the least NP. In sequences of the NP gene synonymous nucleotide substitutions prevail. The genome of NA is mainly deletions and insertions. Conclusions. The variability of the nucleotide sequences of the HA, NA and NP genes in the subtypes A H1 and H7 was detected. It has been established that the use of variable locus of these genes allows for the identification of influenza A strains and identifies a separate serotype.Keywords: neurominidase, variability, genetic markers, target RNA, genotyping.

Highlights

(40 %) призвели до фатального результату [4]
Аналіз варіабельних локусів білків визначали за алгоритмом DISORDER, що передбачає внутрішні неупорядковані ділянки білка
Частка замін у вибірці кодуючих нуклеотидних послідовностей генів HA, NA та NP вірусу грипу А субтипів H1N1 та H7N9

Summary

Introduction

(40 %) призвели до фатального результату [4]. Усі випадки інфікування є результатом безпосереднього контакту людини із свійськими птахами [5]. Матеріали і методи Провівши біоінформаційний аналіз даних 8 тисяч субтипів вірусу грипу типу А різних антигенних підтипів, виділених від різних живителів (людини, свині та птиці) із бази даних вірусів Influenza Virus Database NCBI Gen Bank за допомогою програм MEGA 6.0 (показує положення мутацій у структурних моделях), визначали долю синонімічних та несинонімічних замін у кожній позиції множинних вирівнювань кодуючих ділянок нуклеотидних послідовностей для 45 субтипів. Виявлення варіабельних ділянок генів HA, NA та NP проводили на основі порівняння їх нуклеотидних послідовностей субтипів пташиного грипу А H1N1 та H7N9, представлених у базі даних NCBI GenBank Influenza Virus Database.

Results

Conclusion