Theoretical and computational physicochemical description of the enzyme-ligand complexes of bromelain protein reported by X-Ray diffraction

Abstract

El estudio teórico computacional aborda la descripción de los complejos enzima-ligando obtenidos mediante el método de difracción de Rayos X. El propósito de este estudio es analizar a la enzima bromelina aplicando de la química computacional, a través de cribados virtuales consecutivos en la plataforma del RCSB PDB hasta llegar al cristal de mejor calidad reportada. La descripción física de la obtención de coordenadas tridimensionales a través del modelo de difracción de Rayos X, y la aplicación de la química teórica y computacional para describir la proteína cuaternaria reportada con sus cadenas, ligandos asociados, y moléculas de agua estructural. Se determinó que el complejo cristalino ID PDB: 6YCB es el que posee la mejor resolución, comparándola con respecto a la proteína en criogenia que minimiza sus vibraciones estructurales.