The identification and molecular characteristics of Belarusian apple proliferation phytoplasma isolates

E V Kolbanova,T N Bazhydai,N V Kukharchyk

doi:10.29235/1029-8940-2021-66-1-88-97

Abstract

It is known that optimal source of samples for diagnostic of apple proliferation phytoplasma in autumn is roots. In case of the occurrence of pronounced characteristic symptoms - “witches’ broom”, can be used symptomatic shoots. Real-time PCR with primer pair Phyto-F/Phyto-R and probe Phyto-P and nested PCR with primer pair P1/Tint and fO1/ rO1 can be used to detect Candidatus Phytoplasma mali with a high degree of sensitivity and reproducibility. Comparison of the nucleotide sequences of Belarusian isolates with the sequences presented in EMBL/GenBank showed that all Belarusian phytoplasma isolates detected on apple cultivars Alesya, Syabryna, Pamyat Sikory belong to species Candidatus Phytoplasma mali. The nucleotide sequences are placed in international database (EMBL/GenBank) with identification numbers (LR701160, LR701188, LR701436, LR701155, LR701438, LR701439, LR701440). The identity of the nucleotide sequences of region of 16S rRNA gene of Belarusian samples of Ca. P. mali ranged from 99.7 to 100.0 %, and hflB gene region ranged from 99.6 to 100.0 %.

Highlights

Comparison of the nucleotide sequences of Belarusian isolates with the sequences presented in EMBL/GenBank showed that all Belarusian phytoplasma isolates detected on apple cultivars Alesya, Syabryna, Pamyat Sikory belong to species Candidatus Phytoplasma mali
It is known that optimal source of samples
detect Candidatus Phytoplasma mali with a high degree of sensitivity and reproducibility

Summary

TTCTAGCTATTCATCGTGAA CGGCGCGATTAGTAGCTCC

Амплификацию проводили с использованием для ПЦР в реальном времени ArtStart ДНКполимеразу («АртБиоТех», Беларусь), для классической и гнездовой ПЦР – Taq DNA Polymerase (Thermo Scientific, Литва) и амплификатор C1000 Touch-CFX96 (Bio-Rad, США). Температурный режим проведения классической ПЦР: начальная денатурация при 95 °C в течение 5 мин; 35 циклов при 95 °C в течение 30 с, при 50 °C в течение 30 с и при 72 °C в течение 1 мин; при 72 °C в течение 5 мин. Температурный режим проведения ПЦР в реальном времени: начальная денатурация при 95 °C в течение 2 мин; 45 циклов при 95 °C в течение 5 с, при 60 °C в течение 30 с и при 67 °C в течение 15 мин. Для тестирования на наличие фитоплазмы в насаждениях яблони были взяты образцы (корни) в осенний период с 8 деревьев сорта Память Сикоры, имеющие визуальные симптомы фитоплазмы – «ведьмины метлы» (пролиферация пазушных побегов) Результаты тестирования яблони с визуальными симптомами на наличие фитоплазмы при использовании различных видов ПЦР (тип образца – корни)

Визуальные симптомы

Участок генома

Findings

Список использованных источников