Abstract
We report a conserved motif in the upstream region of the proA and proB genes, which are widely found among γ-proteobacteria, particularly in the genera Pseudomonas, Marinobacter, and Shewanella. The conserved protein-DNA binding sites are 8 bp long. Some genes have double sites for cooperative factor binding. The phylogenetic profiles of binding sites and all protein factors were compared. We identify the tetR family protein, an ortholog of the NP_249058 protein from P. aeruginosa PAO1, as a transcription factor. Our algorithm was applied to construct the species tree with predicted regulation of the pro genes. The phylogeny of pro genes, transcription factor phylogeny, and a phylogeny of their binding sites were mapped onto the species tree with our algorithm. The obtained scenario displays important HGT and related events.
Highlights
Консервативные сайты связывания белка с ДНК имеют длину 8 п.н. и обычно повторяются дважды на расстояним от 10 до 16 п.н
Ортологи этого белка с достаточно высоким значением expect value присутствуют у всех видов, в которых предсказана регуляция; небольшое число исключений относится к низко консервативным сайтам
Такая совместная эволюция всех компонент системы регуляции на основе белок-ДНК взаимодействий ранее не была представлена для какого-либо гена
Summary
Данные взяты из базы GenBank (www.ncbi.nlm. nih.gov). Для поиска фактора связывания, соответствующего найденному мотиву, использована разработанная авторами программа, которая основана на сравнении филогенетического профиля сайтов с филогенетическими профилями всех бактериальных белков [4, 5]. Для такого сравнения профиль мотива и профиль каждого белка представляются в виде векторов. Филогенетический профиль мотива в i-й позиции содержит +1, если соответствующий сайт присутствует в i-м геноме; или –1, если регуляторный сайт отсутствует в i-м геноме. Вычислялось как расстояние между консенсусом мотива и сайтом.
Sign-in/Register to view highlights & summary Sign-in/Register to access full text options 
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callDisclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
