Abstract

Aim. Investigation of the features of the protein profiles of the spore and vegetative form of the anthrax microbe by the MALDI-TOF MS method using the resources of the Mass-Up program and the package for the statistical software with open source code R. Materials and methods. Spores and vegetative forms of 32 strains of B. anthracis from the collection of microorganisms of the Stavropol Research Institute for Plague Control, including 8 strains isolated from an outbreak of anthrax in Yamal in 2016. Protein profiling was carried out on the Microflex MALDI-TOF mass spectrometer «Bruker Daltonics». Results. The alternative bioinformational-statistical approach used to analyze the MALDI-TOF mass spectra of the causative agent of anthrax made it possible to differentiate the spores and vegetative forms of the microbe based on the identification of the corresponding groups of biomarkers. Conclusion. A comparison of vegetative and spore cells of typical and atypical strains of anthrax causative agent on the basis of MALDI-TOF MS data was made. It has been experimentally confirmed that the protein profiles of cultures of Bacillus anthracis of the spore and vegetative form differ significantly, and this difference can be used to search for potential markers of each of the forms.

Highlights

  • Ставропольский противочумный институтИсследование особенностей белковых профилей споровой и вегетативной форм сибиреязвенного микроба методом MALDI-TOF MS с использованием ресурсов программы Mass-Up и комплекса пакетов для статистического программного обеспечения с открытым исходным кодом R.

  • Используемый альтернативный биоинформационно-статистический подход для анализа MALDI-TOF масс-спектров возбудителя сибирской язвы позволил дифференцировать споровую и вегетативную формы микроба на основании выявления соответствующих групп биомаркеров.

  • Проведено сравнение вегетативных и споровых клеток типичных и атипичных штаммов возбудителя сибирской язвы на основании данных MALDI-TOF MS.

Read more

Summary

Ставропольский противочумный институт

Исследование особенностей белковых профилей споровой и вегетативной форм сибиреязвенного микроба методом MALDI-TOF MS с использованием ресурсов программы Mass-Up и комплекса пакетов для статистического программного обеспечения с открытым исходным кодом R. Используемый альтернативный биоинформационно-статистический подход для анализа MALDI-TOF масс-спектров возбудителя сибирской язвы позволил дифференцировать споровую и вегетативную формы микроба на основании выявления соответствующих групп биомаркеров. Проведено сравнение вегетативных и споровых клеток типичных и атипичных штаммов возбудителя сибирской язвы на основании данных MALDI-TOF MS. Достаточно сложный, подход для идентификации возбудителя сибирской язвы методом MALDI-TOF MS, не связанный с применением коммерческих информационных платформ, в котором анализ базы данных проводили на основе модели искусственных нейронных сетей [8]. Цель работы — выявление особенностей белковых профилей споровой и вегетативной форм сибиреязвенного микроба методом MALDI-TOF MS с использованием ресурсов программы Mass-Up и комплекса пакетов для статистического программного обеспечения с открытым исходным кодом R

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Вирулентные штаммы Дагестан Дагестан Дагестан
РЕЗУЛ ЬТАТ ЫИОБСУЖДЕНИЕ
Full Text
Published version (Free)

Talk to us

Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have

Schedule a call