Single nucleotide polymorphisms in U86 Human betaherpesvirus 6B

Abstract

<h3></h3> В отечественной научной литературе имеются единичные публикации, посвященные видовой идентификации и типированию вируса герпеса человека 6 типа (ВГЧ-6). Между тем определение генетического полиморфизма ВГЧ-6А и ВГЧ-6В позволит изучить географическое распределение и особенности циркуляции в человеческих популяциях различных генотипов вируса. <h3>ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ</h3> Анализ однонуклеотидных полиморфизмов в гене <i>U86</i> для характеристики российской популяции ВГЧ-6В. <h3>МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ</h3> Проведено секвенирование по Сэнгеру 49 образцов ДНК ВГЧ-6, полученных из крови детей с проявлениями острой ВГЧ-6-инфекции в Санкт-Петербурге. Нуклеотидные последовательности секвенированного фрагмента (317 п.н.) гена <i>U86</i> клинических изолятов выравнивали на референсный геном <i>Human betaherpesvirus 6B</i> NC_000898 (штамм Z29). <h3>РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ</h3> Большинство изолятов ВГЧ-6В (63%) по данному участку гена были идентичны референс-штамму; у 18 изолятов выявлено четыре варианта однонуклеотидных замен, включая три несинонимических. Из 18 изолятов 11 (6%) отличались от референса по двум SNP, шесть (3%) — по всем четырем SNP, один (0,5%) имел 3 однонуклеотидные замены. Все четыре профиля однонуклеотидных замен (сиквенс-типы) фрагмента гена <i>U86</i> российских изолятов имели аналоги у изолятов ВГЧ-6В различного географического происхождения, представленных в GenBank NCBI. <h3>ЗАКЛЮЧЕНИЕ</h3> Секвенирование фрагмента (317 п.н.) гена <i>U86</i> подтвердило видовую принадлежность 49 исследованных нами изолятов ВГЧ-6В, позволило оценить распространенность и филогенетическое родство сиквенс-типов в российской и зарубежных популяциях вируса.