Abstract
ResumenLa pandemia de COVID-19 causada por el SARS-CoV-2 es un problema de salud pública sin precedentes en los últimos 100 años, así como la respuesta centrada en la caracterización genómica del SARS-CoV-2 prácticamente en todas las regiones del planeta. Esta pandemia surgió durante la era de la epidemiología genómica impulsada por los continuos avances en la secuenciación de próxima generación. Desde su reciente aparición, la epidemiología genómica permitió la identificación precisa de nuevos linajes o especies de agentes patógenos y la reconstrucción de su variabilidad genética en tiempo real, lo que se hizo evidente en los brotes de influenza H1N1, MERS y SARS. Sin embargo, la escala global y descontrolada de esta pandemia ha generado una situación que obligó a utilizar de forma masiva herramientas de la epidemiología genómica como la rápida identificación del SARS-CoV-2 y el registro de nuevos linajes y su vigilancia activa en todo el mundo. Antes de la pandemia de COVID-19 la disponibilidad de datos genómicos de agentes patógenos circulantes en varios países de Latinoamérica y el Caribe era escasa o nula. Con la llegada del SARS-CoV-2 dicha situación cambió significativamente, aunque la cantidad de información disponible sigue siendo escasa y, en países como Colombia, Brasil, Argentina y Chile, la información genómica del SARS-CoV-2 provino principalmente de grupos de investigación en epidemiología genómica más que como producto de una política o programa de vigilancia en salud pública. Ello evidencia la necesidad de establecer políticas de salud pública orientadas a la implementación de la epidemiología genómica como herramienta para fortalecer los sistemas de vigilancia y alerta temprana frente a amenazas para la salud pública en la región.
Highlights
Genomic epidemiology as a tool to strengthen surveillance and early warning systems against threats to public health in the region
Antes de la pandemia de COVID-19 la disponibilidad de datos genómicos de agentes patógenos circulantes en varios países de Latinoamérica y el Caribe era escasa o nula
Las secuencias del SARS-CoV-2 identificadas durante la fase temprana de la pandemia de COVID-19 en Colombia aportaron datos moleculares para respaldar la información epidemiológica relativa a la proporción de casos importados de Europa y América y la reconstrucción de cadenas de transmisión viral, así como para estimar la variabilidad genética de SARSCoV-2 en el país, traducida en la identificación de 12 sublinajes del SARSCoV-2 importados en un transcurso de dos meses desde la confirmación del primer caso [17]
Summary
Secuenciación del SARS-CoV-2: la iniciativa tecnológica para fortalecer los sistemas de alerta temprana ante emergencias de salud pública en Latinoamérica y el Caribe. La acumulación de información genómica sobre el SARSCoV-2 circulante en diferentes países de Latinoamérica y el Caribe, en su mayoría producto de esfuerzos locales de implementación de tecnologías de secuenciación de próxima generación, representa una herramienta de gran utilidad para fortalecer la vigilancia epidemiológica y la adopción acertada de decisiones en salud pública para controlar este virus y los demás agentes infecciosos que circulan en la región. Los primeros datos de vigilancia genómica provenientes de países suramericanos como Argentina, Brasil, Colombia, Chile, Ecuador y Uruguay, han aportado evidencia útil para la selección de métodos de diagnóstico molecular y serológico, así como para la formulación de vacunas [9,10], en la que la variabilidad genética de las cepas del SARS-CoV-2 circulantes en la región ha sido determinante (figura 1). Con la pandemia de COVID-19 en la región, varios países de Latinoamérica demostraron capacidad técnica para contribuir a la vigilancia genómica del SARS-CoV-2, pese a que la cantidad de genomas reportados fue limitada (figura 2)
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