RNA-Seq identification of lipid metabolism genes associated with intramuscular fat by transcriptome analyses of Longissimus dorsi and liver in pigs feed with avocado meal supplement

Abstract

El objetivo de esta investigación fue identificar los genes involucrados en el metabolismo de lípidos y grasa intramuscular (GIM), por medio del análisis de transcriptoma en Longissimus dorsi e hígado, en cerdos de engorde con dieta suplementada con harina de aguacate (HA), así como su efecto sobre el peso final, pH45 y GIM. Se alimentaron ocho cerdos castrados en cada dieta, una con HA al 0 % (HA0) y otra con 10 % (HA10). El análisis de transcriptoma fue realizado con secuenciación masiva (ARN-Seq), con el método DESeq2 se identificaron genes a partir de 12 muestras, tres por dieta y tejido, para obtener diferencialmente la expresión génica (DEG) de los Log2 Fold Change (Log2FC) de HA0 vs HA10, considerando valores de P<0,10 a P<0,01-E10. Suplementar con HA10 no afectó el peso final (107,6 kg), pero si aumentó el pH45 (6,0) y disminuyó la GIM (5,3 %). Comparando las dietas HA0 vs HA10, se identificaron en L. dorsi más genes con alta DEG Log2FC (UP) en HA0, que se han relacionado con mayor influencia en el aumento de GIM. Con valores más altos de Log2FC y P<0,001 se identificaron a genes UP en HA10 más asociados al metabolismo de los ácidos grasos; once genes para L. dorsi (ABCG1, ADORA1, BMPR1B, FABP3, FRZB, ITGB6, MYLIP, RGN, RORC, RXRG, SPOCK3) y trece genes para hígado (CA3, CDKN1A, FADS1, FADS2, GABRB2, PCK2, PLIN4, RETSAT, ROBO2, RORC, SLC27A6, SOCS2, SPOCK3). Las correlaciones entre los valores Log2 de expresión de los genes con GIM, identifican en L. dorsi a 19 genes con correlación positiva (0,80-0,97) y 13 con correlación negativa (0,80-0,98), y en hígado a seis genes con correlación positiva (0,80-0,92) y nueve con correlación negativa (0,80-0,94). La HA afecta la GIM y ocasiona cambios en la expresión de genes asociados al metabolismo de lípidos.