Quá trình tiến hóa sinh kháng thuốc của vi-rút HIV với cây đột biến di truyền theo mô hình Markov

Abstract

Trong bài báo này, chúng tôi dự đoán quátrình tiến hóa của vi-rút HIV qua 14 đột biến kháng thuốc trongphác đồ điều trị sử dụng thuốc efavirenz bằng mô hình Markovẩn và cây đột biến di truyền. Với dữ liệu mới gồm 396 bệnh nhântrên cơ sở dữ liệu kháng thuốc HIV của trường đại học Stanford,chúng tôi tiến hành kiểm định giả thiết và nhận thấy dữ liệuphù hợp để đưa vào mô hình tính toán. Phần thực nghiệm chothấy thuật toán EM dùng để ước lượng và tối ưu tham số khiáp dụng vào mô hình có tốc độ hội tụ nhanh. Hơn nữa, dựa vàocác tham số sau khi tối ưu, chúng tôi cũng xác định được thứtự xuất hiện của các đột biến theo thời gian trong đó đột biếnK103N xuất hiện sớm nhất.