Abstract
The polymerase chain reaction (PCR) is widely used in different areas. For example, in laboratory diagnostics, PCR is used to detect bacterial and viral pathogens, in the diagnosis of hereditary diseases, and to identify paternity and many other. There are three types of PCR — qualitative, semi-quantitative, and quantitative. The method is based on the ability of DNA polymerase to double the existing DNA strand, thus resulting in multiplication the number of copies of the region of interest. Necessary components of the reaction are DNA or RNA molecules, serving as a template for the of new molecules; polymerase — an enzyme synthesizes new DNA strands; short oligonucleotides – primers that are required for the enzyme work and are specific to the fragment of interest. Currently, there are not many primer designing tools that are easy-to-use and free. One of these tools is the Primer-BLAST online resource, which is integrated with the NCBI database. It is user-friendly and easyto-use effective tool that is integrated with GenBank and RefSeq, and always is up-to-dated. However, even for this tool, there are no detailed instructions for the primers designing. This work is an update for a previously published tutorial and provides a step-by-step guide to find target DNA regions, primers designing, and performing primer quality control. The paper is largely based on the personal experience of the authors and is intended for researchers working with PCR.
Highlights
Введение Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) широко применяется для решения разнообразных задач
Данная статья является обновлением для выпущенного ранее учебного пособия и представляет пошаговое руководство по поиску целевых участков ДНК, подбору праймеров и оценке качества имеющихся праймеров [2]
Конфликт интересов / Conflict of interest Авторы заявили об отсутствии потенциального конфликта интересов. / The authors declare no conflict of interest
Summary
Инструмент Primer-BLAST откроется в новом окне, при этом геномный браузер остается открытым. При подборе праймеров по всему видимому диапазону геномного браузера можно (и нужно) менять параметр минимального размера ПЦР-продукта, так как «по умолчанию» он равен 70 п.о. В поле #of primers to return указывается количество праймеров, выдаваемых программой, «по умолчанию» это 10 пар. Вкладка Primers for target on the template Раздел PCR Template В поле Range будут автоматически проставлены хромосомные позиции — границы диапазона, которые были выбраны ранее для конструирования праймеров. Максимальное значение продукта ПЦР ограничено видимым полем геномного браузера, либо крайними положениями выделенных диапазонов в геномном браузере (окно осталось открытым), при необходимости это значение можно уменьшать вручную. Обратите внимание, что при подборе праймеров для двух выделенных диапазонов значение минимума не проставляется, так как размер ПЦР-продукта уже принудительно ограничен этими районами. Раздел Exon/intron selection предназначен для работы с матричной РНК, для подбора праймеров не имеет значения
Sign-in/Register to view highlights & summary Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callDisclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
