Pophelper: an R package and web app to analyse and visualizepopulation structure.

R. M. Francis

doi:10.1111/1755-0998.12509

Abstract

The pophelper r package and web app are software tools to aid in population structure analyses. They can be used for the analyses and visualization of output generated from population assignment programs such as admixture, structure and tess. Some of the functions include parsing output run files to tabulate data, estimating K using the Evanno method, generating files for clumpp and functionality to create barplots. These functions can be streamlined into standard r analysis workflows. The latest version of the package is available on github (https://github.com/royfrancis/pophelper). An interactive web version of the pophelper package is available which covers the same functionalities as the r package version with features such as interactive plots, cluster alignment during plotting, sorting individuals and ordering of population groups. The interactive version is available at http://pophelper.com/.

Highlights

Polymorphism of microsatellite loci in silver (Hypophthalmichthys molitrix Val.) and bighead (Hypophthalmichthys nobilis Rich.) carps grown in aquaculture in the Republic of Belarus
Данный факт свидетельствует о незначительной вариабельности генетических признаков, однако при условии того факта, что для ПТ и Белый толстолобик (БТ) могут быть представлены различные аллельные варианты, значимость генотипирования по данным short tandem repeat (STR)-локусам возрастает, если необходимо дифференцировать ПТ и БТ, а также гибридные особи
Анализ субпопуляционной структуры исследуемых двух групп толстолобиков позволил сде лать заключение, что на основании результатов генотипирования по 11 STR-локусам точность классификации особей пестрого толстолобика составляет 99,8 ± 0,1 %, особей белого тол столобика – 99,7 ± 0,3 %

Summary

Introduction

79–86 of hybrid individuals between silver and bighead carps and the use of molecular genetic analysis of STR-loci would be proposed. A. Polymorphism of microsatellite loci in silver (Hypophthalmichthys molitrix Val.) and bighead (Hypophthalmichthys nobilis Rich.) carps grown in aquaculture in the Republic of Belarus. Внешний вид белого (а) и пестрого (b) толстолобиков Appearance of silver (a) and bighead (b) silver carp культуре в Республике Беларусь, по результатам генотипирования 11 STR-локусов и оценить их дифференцирующий потенциал для идентификации гибридных особей.

Results

Conclusion