Phylogenetic analysis of large molecular data sets

Abstract

Los adelantos tecnológicos en biología molecular han aumentado en gran medida la velocidad y eficiencia de la secuenciación de ADN, haciendo posible construir relativamente rápido grandes juegos de datos moleculares para la reconstrucción filogenética. A pesar de su potencial para mejorar nuestro entendimiento de la filogenia, estos grandes juegos de datos también proveen muchos retos. En este artículo discutimos varios de estos desafíos, incluyendo 1) el fracaso en la búsqueda del árbol más parsimonioso (el óptimo local) en un lapso de tiempo razonable, 2) la diferencia entre un óptimo local y el óptimo global, y 3) la existencia de clases múltiples (islas) de árboles más parsimoniosos. También discutimos posibles estrategias para aumentar la posibilidad de encontrar el o los árboles más parsimoniosos y presentamos dos ejemplos de nuestro trabajo en la filogenia de las angiospermas. Concluimos con una discusión de dos alternativas para el análisis de los juegos enteros de datos: el "enfoque de representantes" y la "compartamentalización". Sugerimos que debe darse consideración adicional al asunto del análisis de juegos grandes de datos, sean morfológicos o moleculares.