Abstract
Carried out has been whole-genome sequencing of the Vibrio cholerae 81 El Tor Inaba strain DNA, isolated from Temernik River waters in the territory of Rostov-on-Don in July, 2014. Identified is the presence of hybrid CTX prophage, which contains ctxB gene of the classical type ( ctxB1 allele), as well as rstR gene El Tor type, tcpA gene with the mutations in coding and promoter regions ( tcpET CIRS allele), the null-mutation in rtxA gene, and extended deletion inside the pandemicity island VSP-II. All the stated above peculiarities are characteristic of cholera vibrio genovariants, which have an enhanced epidemic potential and have recently replaced the typical strains of this biovar.
Highlights
Peculiarities of Genome Structure of Toxigenic Vibrio cholerae El Tor Inaba Strain, Isolated from a Surface Water Body in the Territory of Rostov-on-Don in 2014
All the stated above peculiarities are characteristic of cholera vibrio genovariants, which have an enhanced epidemic potential and have recently replaced the typical strains of this biovar
Фенотипический и молекулярногенетический анализ генетически измененного токсигенного штамма Vibrio cholerae 301 биовара Эль Тор, изолированного в 2011 г
Summary
В работе использован штамм V. cholerae 81 биовара Эль Тор, выделенный в ходе мониторинговых исследований из воды р. Для культивирования бактерий использовали бульон и агар Luria-Bertani (LB). Для оценки антибиотикочувствительности холерного вибриона использовали диско-диффузионный метод [4] с использованием. Для заражения кроликовсосунков массой 130–160 г использовали 4‐часовую агаровую культуру, выращенную при 37 °С. Всех погибших через 48 ч животных вскрывали для оценки развития специфического инфекционного процесса. Сборку контигов осуществляли с помощью программ Velvet (входит в состав программного обеспечения MiSeq) и Newbler gsAssembler ver 2.6. Биоинформационный анализ проводили с помощью программ BLASTN 2.2.29 Клас терный анализ и построение дендрограмм проводили по методу UPGMA с использованием авторского программного обеспечения, встроенного в геоинформационную систему «Холера. В качестве референс-геномов при выравнивании контигов и сравнительном анализе использовали полногеномные последовательности штаммов N16961 (AE003852), 2010EL-1786 (CP003069.1), CIRS101 (NZ_ACVWACVW00000000.1), 301 (AJFN 02000000.1) и целого ряда других штаммов, представленных в базах GenBank. Номера доступа сиквенсов ДНК штамма V. chole rae 81, полученных в рамках настоящего исследования, в GenBank: JPOP00000000/SAMN02911891, JRQM00000000 (полногеномные сиквенсы), KM352 500 (CTX), KM401563 (CTX+RTX), KM816583 (RS1), KM660639 (VSP-II)
Sign-in/Register to view highlights & summary Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callDisclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
