Abstract

Aim. Comparative analysis of the sequenced on our own effort genomes of non-toxigenic strains with different set of pathogenicity genes and assessment of their virulence on the model of intestinal inoculation of newborn rabbits. Materials and methods. Whole-genome DNA sequencing of 26 strains was carried out using semiconductor sequencing technology. Haemolysin and hemagglutinin-protease production was evaluated applying conventional methods. Virulence of the strains for newborn rabbits was determined through intraluminal inoculation at the dose of 107 CFU/ml. Results. On the basis of whole genome analysis of ctxA-tcpA+ and ctxA-tcpA- non-toxigenic strains, differences in composition and structure stability of mobile elements associated with pathogenicity have been identified. Significant differences in nucleotide sequences of hlyA, hapA, and rtxA genes, encoding production of additional pathogenicity factors, have also been detected. The paper provides the results of assessment of their phylogenetic relations. Experiments on animal models have confirmed the inability of non-toxigenic ctxA-tcpA+ and ctxA-tcpA- strains to cause the development of typical cholera infection. Conclusion. New data on the genome structure of different non-toxigenic strains and their phylogenetic relations have been obtained. Based on the results of inoculation of animal models with cells of non-toxigenic strains with the studied genome the inference is drawn on their inability to cause the development of typical cholera infection.

Highlights

  • Tandhavanant S., Thanwisai A., Limmathurotsakul D. et al Effect of colony morphology variation of Burkholderia pseudomallei on intracellular survival and resistance to antimicrobial environments in human macrophages in vitro

  • Контактная информация: Смирнова Нина Ивановна, д.б.н., проф., 410005, Саратов, Университетская, 46, р.т. (8452) 26-47-23

Read more

Summary

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Объектами исследования служили 26 токсигенных (7 изолятов) и нетоксигенных (19 изолятов) штаммов V. cholerae О1 биовара Эль Тор, выделенных в различных регионах Российской Федерации (1970 — 2017 гг.) и сопредельных стран: в Украине (1995, 2011 гг.) и Туркменистане (1965, 1972 гг.). Протоколы экспериментов на животных были одобрены Комиссией по биоэтике РосНИПЧИ «Микроб» (разрешение No1 от 13.01.2017 г.). Выделение и очистку геномной ДНК проводили из бактериальной суспензии с использованием коммерческого набора «ChargeSwitch gDNA Mini Bacteria Kit» (Invitrogen, США) в соответствии с протоколом производителя. Предварительно клетки были обработаны мертиолятом натрия до конечной концентрации 1:10000 (0,01%) и прогреты при 56єС в течение 30 мин. Полногеномное секвенирование ДНК штаммов проводили с использованием технологии полупроводникового секвенирования на системе Iоn PGM (Ion Torrent, Thermo Fisher Scientific, США). Подготовку библиотек для секвенирования осуществляли в соответствии с рекомендациями производителя. Поиск SNP в геномах осуществляли с помощью программы Realphy 1.10, используя в качестве референсной последовательности геном штамма V. cholerae N16961 (NC_002505). Для изучения филогенетического распределения штаммов на основе анализа SNP 26 геномов штаммов V. cholerae использовали программный пакет Beast 2.4.0. Оценку параметров филогенетического дерева проводили в программе Tracer v.

РЕЗУЛ ЬТАТ Ы
Проба воды
Full Text
Paper version not known

Talk to us

Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have

Schedule a call

Disclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.