Abstract
Molecular dynamics simulations for the structural complexes of potential HIV-1 inhibitors with the viral envelope gp120 protein were carried out. Free energies of the formation of these supramolecular structures and contributions of individual amino-acid residues of gp120 to the enthalpy binding were calculated. The residues of gp120 critical for interactions with the ligands were identified. Based on the data obtained, five compounds promising for synthesis and testing for antiviral activity were selected. It is suggested that these compounds may be successfully used in the design of novel, potent and broad anti-HIV drugs.
Highlights
На сегодняшний день стандартным методом лечения является высокоактивная антиретровирусная терапия (ВААРТ), которая предполагает совместное использование нескольких препара
При этом анализируемые соединения имитируют взаимодействия с белком gp120, критические для связывания вируса с клеточным рецептором CD4 клетки-хозяина, т. е. представляют собой миметики первичного рецептора ВИЧ-1
При этом среднее значение свободной энергии связывания ингибитора ВИЧ-1 NBD-11021 с белком gp120, полученное с помощью идентичного вычислительного протокола, сопоставимо, с учетом погрешностей метода MM-PB/SA, с соответствующими значениями для обнаруженных соединений, что указывает на высокую вероятность проявления ими ингибиторной активности
Summary
На сегодняшний день стандартным методом лечения является высокоактивная антиретровирусная терапия (ВААРТ), которая предполагает совместное использование нескольких препара-. На основе полученных данных отобраны пять соединений-лидеров, характеризующихся низкими значениями свободной энергии связывания и большим числом энергетически благоприятных межатомных контактов с участком белка gp120, критическим для взаимодействия ВИЧ-1 с клеточным рецептором CD4. Средние значения свободной энергии образования комплексов и вклады индивидуальных аминокислотных остатков белка gp120 в энтальпию связывания вычисляли с помощью метода MM-PB/SA [10], реализованного в программном пакете AMBER 11 [9].
Sign-in/Register to view highlights & summary Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callMore From: Doklady of the National Academy of Sciences of Belarus
Disclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
