Molecular Docking Terpinen-4-ol pada Protein IKK sebagai Antiinflamasi pada Aterosklerosis secara In Silico

Putu Pradnya Pramita Dewi

doi:10.24843/jfu.2019.v08.i01.p07

Abstract

ABSTRACT   Atherosclerosis is a chronic inflammatory disease that begins with endothelial dysfunction, it caused fat accumulation and plaque growth in the inner arteries walls. Endothelial dysfunction will activate the Nuclear Factor Kappa B (NF-kB) pathway involving IKK proteins. Terpinen4-ol is constituent found in the bangle (Zingiber cassumunar) rhizome. The purpose of this study were to determine the affinity and mechanisms of terpinen-4-ol against IKK protein as anti-inflammatory in atherosclerosis performed using molecular docking method. The docking result are assessed from the binding energy and hydrogen bonds formed between terpinen-4-ol and protein. The result showed that terpinen-4-ol has activity in inhibiting the inflammatory process because it is able to disturb IKK protein with bond energy values -4.89 kcal/mol. The molecular mechanism in inhibiting the activity of IKK protein through the formation of hydrogen bonds in these proteins. These result show that terpinen-4-ol has the potential to inhibiting inflammatory process and it caused the formation of atherosclerotic plaque can be obstructed.  Keywords: Atherosclerosis, Terpinen-4-ol, Molecular Docking, In Silico

Highlights

Aterosklerosis merupakan suatu penyakit akibat proses inflamasi kronis (Warboys, 2011)
a chronic inflammatory disease that begins with endothelial dysfunction
constituent found in the bangle

Summary

BAHAN DAN METODE

Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah protein IKK (pdb id: 2I40) yang didownload dari https://www.rcsb.org/pdb/home/home.do dan struktur tiga dimensi terpinen-4-ol dibuat dan dioptimasi menggunakan program. Validasi Metode Molecular Docking Validasi metode dilakukan dengan redocking native ligand pada protein target yang sebelumnya sudah dipisahkan native ligand-nya menggunakan program Autodock 4.2. Metode dikatakan valid apabila nilai RMSD yang diperoleh ≤ 3Å sehingga dapat dilakukan docking senyawa uji dengan protein target (Jain and Nicholls, 2008). Docking Terpinen-4-ol pada Protein IKK Terpinen-4-ol ditambatkan pada protein yang telah dipisahkan native ligand-nya dengan program Autodock 4.2 menggunakan grid box yang sama dengan saat validasi metode. Hasil yang diperoleh akan menunjukkan senyawa dengan konformasi dan energi ikatan terendah untuk membentuk ikatan dengan protein IKK. Validasi Metode Molecular Docking Hasil validasi metode ditampilkan pada Tabel 1 dan visualisasi interaksi yang terjadi ditamplikan pada Gambar 2.

PEMBAHASAN

DAFTAR PUSTAKA