Molecular Diagnostics of Coronavirus Infection in the Kyrgyz Republic

S V Khegay,B Kalmyrzaev,T E Kuchuk,A K Dzhaparova,E M Dushenalieva,A T Zhunushov,K T Kasymbekova,N T Usenbaev

doi:10.21055/0370-1069-2020-2-141-143

Abstract

Abstract. Objective of the study was to develop an effective method of sample pooling for the detection of SARSCoV-2 coronavirus RNA using PCR and evaluate that approach with various test systems.Materials and methods. SARS-CoV-2 coronavirus RNA was detected in samples containing nasal swabs placed in a transport medium. 5 samples were combined into one pool to perform the analysis. The effectiveness of the “in single test tube” pooling method for performing mass studies for COVID-19 was evaluated using the Vector-PCRrv-2019-nCoV-RG-19 test systems,Russia; “ArtTest COVID-19”,Belarus; “BioSpeedy”,Turkey.Results and discussion. A total of 587 pools were studied, consisting of 2935 test samples, in which 56 samples containing SARS-CoV-2 RNA were detected and confirmed by PCR. When studying the method of pooling samples, its specificity and optimal sensitivity for detecting SARS-CoV-2 RNA using the Vector-PCRrv-2019-nCoV-RG, ArtTest COVID-19, and BioSpeedy test systems were shown. The results of applying the pooling method correlated with the data obtained without pooling samples. The average deviation of the cycle amounted to 2 Ct; the fluorescence curve of positive samples corresponded to the «S» form.

Highlights

Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 2 коронавирусной инфекции в мире остается напряженной
Objective of the study was to develop an effective method of sample pooling for the detection
SARS-CoV-2 coronavirus RNA was detected in samples containing nasal swabs placed in a transport medium

Summary

Молекулярная диагностика коронавирусной инфекции в Кыргызской Республике

Цель исследования – разработка эффективного метода пулирования проб для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 с помощью ПЦР, а также оценка данного подхода с различными тест-системами. Выявление РНК коронавируса SARS-CoV-2 проводилось в пробах, содержащих образцы мазков из носа людей, помещенных в транспортную среду. Пять образцов объединяли в один пул для выполнения анализа. Оценку эффективности метода пулирования «в одной пробирке» для выполнения массовых исследований на COVID-19 проводили с помощью тест-систем «Вектор-ПЦРрв-2019-nCoV-RG-19» (Россия), «АртТест COVID19» (Республика Беларусь) и «BioSpeedy» (Турция). Всего исследовано 587 пулов образцов, составленных из 2935 исследуемых проб, в которых обнаружено и подтверждено методом ПЦР 56 образцов, содержащих РНК SARS-CoV-2. Результаты применения метода пулирования коррелировали с данными, полученными без пулирования образцов. Среднее значение отклонения цикла составляло в среднем 2 Ct, кривая флуоресценции положительных образцов соответствовала «S» форме. Ключевые слова: COVID-19, РНК SARS-CoV-2, ПЦР-диагностика, пулирование.

Материалы и методы

Результаты и обсуждение