Molecular characterization based on coat protein gene of Beet soil-borne virus isolates obtained from the soils of sugar beet growing areas in Turkey

Abstract

Şeker pancarı (Beta vulgaris L.), Türkiye'de şeker endüstrisinin hammaddesi olup, yaygın olarak yetiştirilmektedir. Pancar bitkisi, plazmodiophorid vektör Polymyxa betae tarafından taşınan bazı toprak kaynaklı virüsler tarafından enfekte edilmektedir. Taksonomik olarak Virgaviridae familyası içinde yer alan ve Pomovirus cinsine ait Beet soil-borne virus (BSBV) ve Beet virus Q (BVQ) şeker pancarında enfeksiyon oluşturan toprak kökenli virüs türleridir. Bu virüslerden BSBV, Türkiye'de ilk olarak 2003 yılında kayıt edilmiş ve daha sonra şeker pancarı üretim alanlarında oldukça yaygın olduğu (% 49.8) belirlenmiştir. Bu çalışmada, BSBV ile bulaşık 10 toprak örneği coğrafik orjinlerine göre rastgele seçilmiş ve bu toprak örneklerinden tuzak bitki testi yöntemiyle elde edilen izolatlar, moleküler yönden analiz edilmiştir. BSBV kılıf protein (CP) genine spesifik primerler ile uygulanan RT-PCR yöntemi ve elde edilen DNA ürünlerinin baz dizi analizi sonrasında, tüm BSBV izolatlarının CP bölgelerinin 495 nükleotit ve 164 amino asit (aa) içerdiği tespit edilmiştir. İlginç bir şekilde, farklı lokasyonlardan elde edilen 9 BSBV izolatı birbirleriyle karşılaştırıldığında, bu izolatların aa düzeyinde % 100 benzer oldukları saptanmıştır. Bununla birlikte, Yozgat ilinden elde edilen YZT-355S izolatının, diğer izolatlarla aa benzerlik oranının % 98.17 olduğu ve 92., 121. ve 122. pozisyonlarda yer alan aa’lerin diğer Türkiye izotları ve daha önce tanımlanan BSBV dünya izolatlarından farklılık sergilediği tespit edilmiştir. Bunun yanı sıra, 24 BSBV izolatının (bu çalışmadan 10 ve GenBank'tan 14) filogenetik analizi, tüm izolatların I, II, III ve IV olmak üzere dört ana grupta toplandığını göstermiştir. Grup I'e ait Türkiye izolatları iki alt gruba (alt grup a ve c) ayrılırken, diğer Türkiye izolatları grup III ve grup IV içerisinde yer almışlardır.