Abstract
Abstract. Current genome evolution of Mycobacterium tuberculosis is marked by virtual absence of the lateral gene transfer leading to the clonal population of this species consisting of separate genetic families. Standard typing method of M. tuberculosis (IS6110-RFLP, spoligo- and VNTR-typing) are based on variation of mobile and repetitive elements and provide sufficient strain discrimination for epidemiological purposes such as, estimation of recent transmission versus reactivation of latent tuberculosis, laboratory contamination, mixed infection. At the same time, rapid evolution of some markers may lead to emergence of identical profiles in the non-related strains (homoplasy) due to convergent evolution. Use of different independent markers may help solve this problem. Regularly updated databases are available for global and local analysis and are also important for standardised terminology and designation of the genotypes. Some of the M. tuberculosis genetic families continue to circulate in the limited areas while other families have become omnipresent due to their likely increased transmissibility and pathogeneicity (e.g., Beijing and LAM). The most frequently isolated Russian subvariant Beijing B0/W148 is marked by significantly higher population growth compared to the Russian Beijing population as a whole and hence may be defined as a successful clone in Russia. Recent years revealed higher than previously thought level of genome variation in M. tuberculosis even between related isolates. The whole-genome sequencing may become a useful typing method if its cost is reduced to be similar to that of the traditional typing methods. Accumulation of the data on old and new markers, development and use of new algorithms of their analysis will help to refine our knowledge about evolution of M. tuberculosis and its families, will provide better tools for epidemiological monitoring of the circulating strains on local and global scale.
Highlights
Адрес для переписки: Мокроусов Игорь Владиславович, д.б.н., ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной микробиологии ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера
Что CRISPR локусы, очевидно, представляют один из древнейших механизмов клеточной защиты против чужеродной ДНК за счет встраивания фрагментов этой ДНК между повторами в виде спейсеров и последующего ее разрушения с помощью механизма, подобного РНК-интерференции [84]
Аккумуляция данных по различным, в том числе, новым маркерам, разработка и применение новых математических алгоритмов для их обработки и анализа позволят провести более точное моделирование эволюции M. tuberculosis и его семейств на различных отрезках времени, эпидемиологический мониторинг их циркуляции внутри стран и в глобальном масштабе
Summary
Адрес для переписки: Мокроусов Игорь Владиславович, д.б.н., ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной микробиологии ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера. Если еще в 2000 году недостаточность данных в GenBank позволяла считать этот локус уникальным для M. tuberculosis, в последние годы было показано, что спейсеры имеют гомологию с различными генными последовательностями других видов бактерий и фагов, что подчеркивает роль горизонтального переноса генов в эволюции CRISPR локусов.
Sign-in/Register to view highlights & summary Sign-in/Register to access full text options 
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callDisclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
