Abstract
Comparative evaluation of species identification of microorganisms by MALDI-TOF mass-spectrometry and automatic biochemical analyzer VITEK2 Compact 30. Species identification of 18,400 isolates of microorganisms (staphylococci, streptococci, enterococci, enterobacteria, nonfermenting gram-negative bacteria, lactobacilli, anaerobes, yeast fungi, neisseriae), isolated from vagina of pregnant and non-pregnant women and from newborns, was carried out. Identification of the isolated microorganisms was carried out by automatic bacteriologic analyzer VITEK2 Compact30 (BioMerieuX, France) and MALDI-TOF-MS analysis method on AutofleXIII (Bruker Daltonics, Germany) mass-spectrometer. Comparative identification of 2005 isolates of microorganisms was carried out. Sequencing of ribosomal RNA was used as a reference method. Authenticity of species identification my MALDI-TOF-MS analysis method was: for staphylococci (95.8%), enterococci (97.5%), enterobacteria (98.4%), nonfermenting gram-negative bacteria (93.6%), β-hemolytiC staphylococci (93.8%), lactobacilli (92.8%), yeast fungi (99.9%). Introduction of MALDI-TOF-MS analysis technology into practical work of microbiological laboratories exceeds previously used methods of microbiological testing in terms of speed; cost and authenticity of identification of a wide spectrum of microorganisms.
Highlights
Ключевые слова: масс-спектрометрия, MALDI-TOF-MS, VITEK2 Compact30, видовая идентификация, стафилококки, стрептококки, энтерококки, энтеробактерии, неферментирующие грамотрицательные бактерии, лактобациллы, анаэробы, дрожжевые грибы, нейссерии
Программное обеспечение аппарата позволяет проводить идентификацию микроорганизмов и расчет коэффициента достоверности в автоматическом режиме и для каждого результата приводится ссылка на NCBI (National Center for Biotechnology Information)
Математическая модель показывает, что повышенных значений заболеваемости можно ожидать, если июль предыдущего года был довольно жарким, а сентябрь, наоборот, отличался пониженными значениями температуры воздуха
Summary
Проведена видовая идентификация 18 400 изолятов различных микроорганизмов: стафилококки, стрептококки, энтерококки, энтеробактерии, неферментирующие грамотрицательные бактерии (НГОБ), лактобациллы, анаэробы, дрожжевые грибы, нейссерии, выделенных из влагалища беременных и небеременных женщин и различных локусов (зев, кал, конъюнктива, раны, кровь и т.д.) новорожденных детей. Посевы биологического материала (кал, мазки из зева, отделяемое конъюнктивы, уретры, цервикального канала, ран и др.) проводили на 5% кровяной агар, Шадлер агар, шоколадный агар, кандиселект агар (BioRad, Франция), маннитсолевой агар, среду Эндо (Сonda, Испания), агар Сабуро, энтерококкагар (ГНЦ ПМБ, Оболенск). Идентификацию выделенных микроорганизмов проводили с использованием коммерческих тест-систем по биохимическим показателям с помощью автоматического бактериологического анализатора VITEK2 Compact (BioMerieux, Франция) и методом MALDI-TOF-MS анализа на массспектрометре AutoflexIII (Bruker Daltonics, Германия). Для видовой идентификации выделенных микроорганизмов методом MALDITOF-MS анализа использовали изолированные колонии, полученные при первичном росте на плотных питательных средах. Программное обеспечение аппарата позволяет проводить идентификацию микроорганизмов и расчет коэффициента достоверности (score) в автоматическом режиме и для каждого результата приводится ссылка на NCBI (National Center for Biotechnology Information). Уровень достоверности идентификации с полученным значением score 2,0 и выше свидетельствовал о точной видовой идентификации, score от 1,7 до 2,0 — об идентификации до рода, отрицательными считали результаты со score ниже 1,7
Sign-in/Register to view highlights & summary Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callMore From: Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology
Disclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
