Abstract
Objective of this work was to develop the algorithms for differential PCR indication of Brucella genus strains using databases of their genomes. Materials and methods .Resources of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) and BLAST and Vector NTI 9.1.0 software utilities. For PCR amplification, B. suis, B. abortus, B. melitensis nucleic acids, as well as plasmid DNA with marker insertions were used. Results and conclusions. We assessed brucella gene sequences, some of which are found in Brucella genus bacteria, others only in representatives of B. melitensis, and the third ones – only in representatives of B. abortus. As a result of primers and probes designing for indication of Brucella genus bacteria and representatives of B. melitensis and B. abortus species, criteria for marker sequence amplification have been established. These criteria provide for simultaneous differentiation in a single reaction. The determination of strain differences within one species of Brucella is described in multilocus VNTR assay technique, and the profiles of tandem repeats of various B. melitensis and B. abortus strains are available in the public domain. To monitor the progress of amplification, a positive control has been developed that has the nucleotide sequence of all marker regions. The text of the paper discloses all the nucleotide sequences of primers, probes and positive control, which makes it possible to independently acquire them in competent organizations.
Highlights
O bjective of this work was to develop the algorithms for differential PCR indication of Brucella genus strains using databases of their genomes
Методика проведе ния ш цр амплификации аналогична описанной ра нее [11], со следующими модификациями: зонд для пц р, прямой и обратный праймеры применялись ин дивидуально для каждого вида Ш Ц ; реакционная смесь для MLVA содержала IOx буфера для ш цр с красителем EvaGreen
Онной и биологической безопасности; Российская Федерация, 420075, Принята к ^ б л . 24.08.18
Summary
МАРКЕРНЫЕ ЛОКУСЫ ГЕНОМА БРУЦЕЛЛ ДЛЯ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОЙ ПЦР ИНДИКАЦИИ ПАТОГЕННЫХ ШТАММОВ ‘ФГБНУ «Федеральный центр токсикологической, радиационной и биологической безопасности», Казань, Российская Федерация; :ФГАОУВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет», Казань, Российская Федерация; казанская государственная медицинская академия - филиал ФГБОУДПО РМ4НПО Минздрава России, Казань, Российская Федерация. Цель работы направлена на разработку алгоритмов дифференциальной ПЦР индикации бактерий рода Brucella с использованием баз данных их геномов. Для ПЦР амплификации использовались нуклеиновые кислоты В. Проанализированы последователь ности генов бруцелл, одни из которых имеются у бактерий рода Brucella, другие лишь у представителей вида В. Melitensis, третьи лишь у представителей вида В. В результате дизайна праймеров и зондов для инди кации бактерий рода Brucella и представителей видов В. Abortus установлены критерии, позволяю щие амплифицировать маркерные последовательности этих бактерий, с одновременной их дифференциацией в условиях одной реакции. Marker Loci in Brucella Genome for Differential PCR Indication of Pathogenic Strains fe d e ra l Centerfo r Toxicological, Radiation and Biological Safety, Kazan, Russian Federation; :Kazan Federal University, Kazan, Russian Federation;3Kazan State Medical Academy, Kazan, Russian Federation
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Disclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.