Isolation and amplification of 16S rRNA gen of Associated Microbial isolates in Red Algae Kappaphycus alvarezii from Belang, Southeast Minahasa Regency, North Sulawesi

Grevo S. Gerung,Elvi L. Ginting,Suzanne L. Undap,Letha L. Wantania,Stenly Wullur,Deiske A. Sumilat,Desy M. H. Mantiri

doi:10.35800/jip.7.1.2019.22808

Abstract

This study aims to obtain isolates and amplify the associative bacterial 16SrRNA gene in K. alvarezii algae. The K. alvarezii algae was collected from seaweed cultivation area in Belang, Southeast Minahasa, North Sulawesi. Associative bacteria were sampled from K. alvarezii algae, grown in Nutrient Agar and separated based on their morphological characteristics. Each isolates were extracted their DNA genome and.the16S rRNA gene of each isolate was amplified using PCR. Eight associative bacterial from K. alvarezii algae were successfully isolated based on morphological characteristics which were dominated by round shape, smooth edges, convex elevation, and white color of the isolates. The results of genomic DNA extraction from each of these isolates were successfully used as templates to amplify the 16s rRNA gene.Key word: Bacteria, Kappaphycus alvarezii, Taxsonomy, 16S rRNAABSTRAKPenelitian ini bertujuan untuk mendapatkan isolat dan mengamplifikasi gen 16SrRNA bakteri asosiatif pada alga K. alvarezii. Metode penelitian diawali dengan pengambilan sampel alga K. alvarezii di lokasi pembudidayaan rumput laut di desa Belang, Minahasa Tenggara, Sulawesi Utara. Selanjutnya, bakteri asosiatif pada alga K. alvarezii tersebut ditumbuhkan dalam media Nutrient Agar, isolat yang tumbuh kemudian dipisahkan berdasarkan karakteristik morfologinya. dan gen 16S rRNA masing-masing isolat diamplifikasi menggunakn PCR. Delapan isolat bakteri asosiatif pada alga K. alvarezii berhasil diisolasi dengan karakteristik morfologi berbeda yang didominasi dengan bentuk round, tepian smooth, elevasi convex, dan warna putih. Hasil ekstraksi DNA genom dari masing-masing isolat tersebut berhasil digunakan sebagai template untuk mengamplifikasi gen 16s rRNA.Kata Kunci: Bakteri, Kappaphycus alvarezii, Taksonomi, 16S rRNA

Highlights

Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan isolat dan mengamplifikasi gen 16SrRNA bakteri asosiatif pada alga K. alvarezii
This study aims to obtain isolates and amplify the associative bacterial 16SrRNA gene in K. alvarezii algae
Metode Budidaya KeranjangIndonesia. 15(2), 123-124. Fretes, H. D., 2012. Studi komposisi, kandungan pigmen,fotostabilitas dan termostabilitas serta analisis produk degradasi ekstrak kasar pigmen alga merah Kappaphycus alvarezii doty varian merah, cokelat dan hijau. THESIS. Universitas Kristen Satya Wacana. Gerung, S.G., 2004. Biodiversity of Indonesian seaweed. Dalam Marine Science into the New Millenium: New Perspectives and Challenges, edited by Phang, S.M., Ho, S.C., Chong, V.C., Mokhtar, N. & Ooi, J.L.S. Kuala Lumpur: University of Malaya Maritime Research Centre, 41-54. Leboffe, M. J. & Pierce, B. E .,2012. Brief Microbiology. Laboratory Theory & Application 2nd Edition. Englewood: Morton Publishing. Naid, T., Kasim, S., Marzuki, A. & Sumarheni., 2013. ‘Produksi antibiotika secara fermentasi dari biakan mikroorganisme simbion rumput laut Eucheuma cottoni’, Majalah Farmasi dan Farmakologi, 7(3), 61-68. bacteria interactions: Evolution, ecology and emerging applications’, Biotechnology Advance, Elsevier, 16

Summary

Lokasi Penelitian

Pengambilan sampel dilakukan di lokasi pembudidayaan rumput laut yang terletak di perairan desa Belang, Kabupaten Minahasa Tenggara, Sulawesi Utara pada bulan November, 2018. Pada proses isolasi DNA, isolat bakteri yang telah diperoleh dikultur ke dalam media Nutrient Broth. Nutrient broth yang telah ditumbuhi bakteri kemudian disentrifus pada suhu 4°C selama 5 menit dengan kecepatan 14.000 rpm sebanyak 6 ml. Isolat bakteri yang telah berada dalam tube ditambahkan dengan buffer ATL dan proteinase K lalu divortex dan diinkubasi pada suhu 55°C selama 1 jam (Sampel divortex setiap 15 menit selama waktu inkubasi). Setelah 1 jam, tambahkan buffer AL dan vortex kemudian inkubasi kembali pada suhu 70°C selama 10 menit. Tahap selanjutnya dilakukan dengan menambahkan buffer AW 1 dan disentrifugasi pada kecepatan 8000 rpm selama 1 menit lalu cairan dibuang. Tambahkan buffer AW 2 dan sentrifugasi pada kecepatan 14.000 rpm selama 3 menit dan buang cairan yang berada di bagian bawah tube. Top Taq Master Mix, 2,5 μl 10x coralload concentrate, 1 μl primer forward, 1 μl primer reverse, dan 2 μl DNA template

Primer yang akan digunakan pada bakteri asosiasi alga adalah primer universal

HASIL DAN PEMBAHASAN

Putih Susu

Hasil amplifikasi gen yang divisualisasi dengan menggunakan

UCAPAN TERIMA KASIH

Wilayah Pesisir dan Lautan

Metode Budidaya Keranjang