Investigation of ITS-rDNA polymorphisms in Fusarium of Elegans and Martiella-Ventricosum sections related to Cucurbits using RFLP marker in Tehran province

Abstract

هدف: هدف از این تحقیق جمع­آوری و شناسایی فوزاریوم­های مرتبط با گیاهان تیره کدوئیان در مناطق کشت این محصولات در استان تهران و ارزیابی چندشکلی ITS-rDNA RFLP به عنوان یک نشانگر مولکولی در بررسی روابط خویشاوندی این گروه از فوزاریوم­ها می­باشد. مواد و روش­ها: در طول فصل زراعی از مناطق عمده‌ی کشت محصولات جالیزی استان تهران، از محل ریشه، طوقه، ساقه تا ارتفاع 15 سانتی­متری و همچنین خاک اطراف گیاه (ریزوسفر)، نمونه‌برداری ها به‌عمل آمد. جدایه‌های قارچی بر روی محیط­کشت PPA کشت، و به روش تک اسپور کردن خالص سازی شده و سپس بر اساس ویژگی‌های ریخت­شناسی شناسایی شدند. DNA ژنومی قارچ‌ها استخراج‌شد. ناحیه ژنومی rDNA ITS جدایه‌های فوزاریوم با استفاده از پرایمرهای ITS1 و ITS4، تکثیر شد. محصولات­PCR با استفاده از آنزیم‌های Sma Ι، Bgl ΙΙ و Mbo Ι مورد هضم قرار گرفتند و سپس بر روی ژل آگارز 5/2 درصد بارگذاری­شدند. تجزیه و تحلیل داده‌ها با استفاده از نرم‌افزار NTSYS-PC V2.02 انجام شد. بدین نحو که ابتدا یک ماتریکس داده از وجود (1) یا عدم وجود (0) هر باند برای هر جدایه ترسیم شد. سپس با استفاده از ضریب شباهت SM، ماتریکس فاصله ژنتیکی تولید و بر اساس مقیاس SAHN و روش UPGMA دندوگرام شباهت جدایه‌ها ترسیم­شد. نتایج: در مجموع تعداد 95 جدایه فوزاریوم متعلق به گونه­های Fusarium solani و F. oxysporum شناسایی شد که از این تعداد، 45 جدایه متعلق به F. solani و 50 جدایه به عنوان F. oxysporum تشخیص داده شد. از تکثیر ناحیه بین ITS1 و ITS4 در جدایه­های F. oxysporum یک ناحیه­ی bp 25±550 و در جدایه­های F. solani ، ناحیه­ای به اندازه‌ی bp 25±575 به­دست آمد.آنزیم Bgl ΙΙ فاقد جایگاه برشی در ناحیه­ی ITS بود. آنزیم Sma Ι در گونه‌های F. oxysporum بدون جایگاه برشی، ولی در گونه­های F. solani دارای یک جایگاه برشی بود و دو قطعه­ی 350 و 230 جفت بازی تولید­شد. آنزیم Mbo Ι در برخی جدایه­های تشخیص­داده‌شده به نام F. oxysporum چهار باند (bp 180،bp 160، bp 130و bp 90 )تولید کرد که این جدایه­ها به عنوان F. redolens تشخیص داده­شدند و در دیگر جدایه­های F. oxysporum دو باند bp 320 و bp 190 تولید شد. آنزیم Mbo Ι در جدایه­های F. solani به استثنای چند جدایه فاقد جایگاه برشی بود. نتیجه­گیری: به نظر می­رسد، استفاده از روش rDNA-RFLP با استفاده از آنزیم­های برشی Sma I و Mbo I می­تواند روش مناسبی برای تفکیک گونه­های فوزاریوم متعلق به دو بخش Elegans و Martiella-Ventricosum از همدیگر و همچنین بررسی تنوع داخل یا بین گونه­ای در بخش Elegans باشد.