Immunogenetic characteristics of potential donors of hemapoietic stem cells recruited in the North Caucasus

M A Loginova,K P Kashin,D N Smirnova,O A Makhova,I V Paramonov,S S Kutyavina

doi:10.18699/ssmj20210107

Abstract

Aim of the study was to investigate the immunogenetic characteristics of the potential donors of hematopoietic stem cells recruited in the North Caucasus and the distribution features of HLA alleles and multilocus haplotypes. Material and methods . Next Generation Sequencing technology was used to identify HLA-A, -B, -C, -DRB1 and -DQB1 alleles from 2663 unrelated bone marrow volunteers living in the Chechen Republic, Stavropol region, Republic of Dagestan. Mass parallel sequencing was performed using the MiSeq™ System («Illumina Inc.», USA). HLA allele and haplotype frequencies were estimated via maximum-likelihood analysis from genotypic data through an expectationmaximization (EM) algorithm for unknown gametic phase using Arlequin v. 3.5.2.2. Results and discussion . In studied population, 47 HLA-A, 77 HLA-B, 39 HLA-C, 54 HLA-DRB1, 22 HLA-DQB1 alleles were selected. Thirteenth alleles, HLA-A*02:01, HLA-A*01:01, HLA-B*13:02, HLA-B*51:01, HLA-C*06:02, HLA-C*04:01, HLA-C*07:02, HLADRB1*07:01, HLA-DRB1*13:01, HLA-DQB1*03:01, HLA-DQB1*02:02, HLA-DQB1*06:03, DQB1*03:02 exhibit frequencies over 10 %. The highest frequency extended haplotype HLA-A*02:01-B*13:02-C*06:02-DRB1*07:01DQB1*02:02, was observed frequencies of 4,5 %. Routine HLA typing allowed us to define 13 new HLA alleles.

Highlights

Aim of the study was to investigate the immunogenetic characteristics of the potential donors of hematopoietic stem cells recruited in the
-DQB1 alleles from 2663 unrelated bone marrow volunteers living in the Chechen Republic
HLA allele and haplotype frequencies were estimated via maximum-likelihood analysis from genotypic data

Summary

Материал и методы

Объектом исследования являлись 2663 потенциальных донора ГСК, подписавших информированное согласие на вступление в регистр ФГБУН Кировский НИИ гематологии и переливания крови ФМБА России и проживающих на территориях Чеченской Республики, Ставропольского края и Республики Дагестан. HLA-типирование по локусам HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1 проводили в разрешении 2-fields по технологии массового параллельного секвенирования с использованием тест-системы VariFindTM HLA Solution IL-v2 (ООО «ПАРСЕК ЛАБ»), секвенирование осуществляли на приборе MiSeqTM System (Illumina Inc., США). Частоты встречаемости аллелей HLA-A, HLA-B, HLA-С, HLA-DQB1 и HLA-DRB1 у доноров ГСК, проживающих на Северном Кавказе, с соответствующими стандартными отклонениями представлены в табл. Среди аллелей локусов I класса с частотой встречаемости более 10 % характеризуются HLA-A*02:01 (33,0 %), HLA-A*01:01 (12,1 %), HLA-A*24:02 (10,0 %), HLA-B*13:02 (12,1 %), HLA-B*51:01 (11,6 %), HLA-С*06:02 (20,9 %), HLA-С*04:01 (15,1 %), HLA-С*07:02 (10,5 %). Среди аллелей локусов II класса с наибольшей частотой выявлены HLA-DRB1*07:01 (17,4 %), HLA-DRB1*13:01 (9,9 %), HLA-DQB1*03:01 (19,2 %), HLA-DQB1*02:02 (15,6 %), HLADQB1*06:03 (10,7 %), HLA-DQB1*03:02 (10,2 %). Наименьшей распространенностью характеризуются HLA-DRB1*03:05, HLA-DRB1*07:112, HLA-DRB1*11:15, HLA-DRB1*15:122, HLADQB1*02:108, HLA-DQB1*03:12 (0,02 %)

Стандартное отклонение

Findings

Достигаемый уровень значимости