Abstract
To find small-molecule compounds that can simulate the structural and functional properties of the high affinity X77 ligand of the main protease of SARS-CoV-2 - etiologic agent of COVID-19, the virtual screening of 9 molecular libraries of the Pharmit web server containing over 213.5 million chemical structures was performed. Using molecular modeling, the neutralizing activity of the identified molecules was evaluated, resulting in 5 leader compounds promising for synthesis and testing for antiviral activity. The data obtained indicate that these compounds may be used as basic structures for the development of effective drugs to treat the novel coronavirus infection.
Highlights
Nelfinavir was predicted to be a potential inhibitor of 2019-nCov main protease by an integrative approach combining homology modelling, molecular docking and binding free energy calculation / Z
9. Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes / P
Summary
Виртуальный скрининг осуществляли в 9 молекулярных библиотеках веб-сервера Pharmit, содержащих информацию о химических структурах более 213,5 млн молекул (http://pharmit.csb. pitt.edu). Эффективность межмолекулярных взаимодействий идентифицированных соединений с Mpro SARS-CoV-2 оценивали методом молекулярного докинга на основе анализа величин свободной энергии связывания и констант диссоциации комплексов лиганд–Mpro. Структуру белка Mpro SARS-CoV-2 в кристалле (Банке данных белков, код 6w63) использовали в приближении жесткого рецептора. Ячейка для докинга включала сайт связывания Mpro SARS-CoV-2 с ингибитором X77 и имела следующие параметры: ΔX = 19 Å, ΔY = 21 Å, ΔZ = 23 Å с центром при X = –20 Å, Y = 19 Å, Z = –26 Å; т. Межмолекулярные взаимодействия в структурных комплексах лигандов с Mpro SARS-CoV-2 идентифицировали с помощью программы BINANA [13]. 1), эффективно взаимодействующих с Mрro SARS-CoV-2 и характеризующихся низкими значениями свободной энергии связывания Значения констант диссоциации (Kd), вычисленные для комплексов идентифицированных соединений и ингибитора X77 c Mрro SARS-CoV-2, и соответствующие им величины свободной энергии связывания (∆G)
Sign-in/Register to view highlights & summary Sign-in/Register to access full text options 
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callMore From: Doklady of the National Academy of Sciences of Belarus
Disclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
