Abstract
Stress-associated proteins (SAPs) are the transcription factors containing the zinc-finger domains A20 and/or AN1. Genome-wide identification and characterization of an apple variety of Golden Delicious stress-associated proteins was performed, potential SAPs were found. Each of them contains, at least, one zinc-finger domain AN1. A phylogenetic tree was constructed on the basis of the amino acid sequences of apple SAP and homologues from other species (dicotyledonous cotton and monocotyledonous rice) to assess their phylogenetic relationships. The sequences ahead of the translation initiation site of SAPs genes were analyzed to discover cis-elements involved in the gene expression regulation. The analysis shows that apple SAPs are involved in a complex network of regulatory elements that controls the vitality of plant cells. It can be assumed that the expression of SAPs in apple trees occurs constantly, but if conditions of a plant growth are changed, their level increases. Regulation of the SAP expression may depend on a plant ontogenesis stage and it may vary in different tissues.
Highlights
IDENTIFICATION OF GENES ENCODING STRESS-ASSOCIATED PROTEINS CONTAINING THE DOMAINS A20/AN1 IN THE APPLE GENOME IN SILICO AND ANALYSIS OF THEIR PHYLOGENETIC RELATIONSHIP
Большинство из них имеет комбинацию доменов цинковых пальцев A20–AN1, реже встречаются белки, имеющие только домены AN1: таких было обнаружено 3
Characterization and phylogenetic analysis of environmental stress-responsive stress associated protein (SAP) gene family encoding A20/AN1 zinc finger proteins in tomato / A
Summary
На которой расположен соответствующий ген Chromosome on which the corresponding gene is located. Для оценки филогенетических взаимоотношений гипотетических SAP из генома яблони с гомологами из других видов (на примере двудольного хлопчатника и однодольного риса) на основании их аминокислотных последовательностей было построено филогенетическое древо, представленное на рис. Большинство из них имеет комбинацию доменов цинковых пальцев A20–AN1, реже встречаются белки, имеющие только домены AN1: таких было обнаружено 3 (по одному для каждого из видов). Во второй кластер входят 9 белков яблони, 5 – хлопчатника и 5 – риса. Анализ их доменной структуры показал, что среди них также преобладают SAP, содержащие домены A20–AN1, но некоторые представители этой группы имеют только домены AN1, причем большинство из них (4) были белками яблони, один – риса. Расположенных непосредственно перед первым кодоном генов, кодирующих стресс-ассоциированные белки, показал, что регуляция их экспрессии может осуществляться множеством транскрипционных факторов, вовлеченных в разнообразные биологические процессы AP2 AT-Hook B3 B3 bHLH bZIP C2H2 CG-1 CSD EIN3 GATA GRAS HD-Zip Гомеодомен LOB MADF MADS box Myb/SANT NAC,NAM SBP SBP TBP TCP TCR WRKY
Sign-in/Register to view highlights & summary Sign-in/Register to access full text options 
Free) 
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a call
