Identificação e Caracterização de Microssatélites de Coffea arabica a partir de dados de sequenciamento de RNA e de BACs

Abstract

O café é uma das principais commodities agrícolas comercializados. A estreita base genética de Coffea arabica tem-se refletido em diferentes formas. Além disso, em C. arabica, o desenvolvimento de novas cultivares é demorado. A utilização de marcadores moleculares como ferramenta para análises da diversidade e seleção de genótipos representa uma importante ferramenta para tentar diminuir tempo e custo de seleção do melhoramento de espécies perenes como C. arabica. Neste trabalho foi realizada identificação e análise in silico de SSR a partir de dados de RNA-seq de C. arabica-Iapar 59 e de sequenciamento de BACs de C. arabica HDT832/2. Para Iapar 59 foram analisados 77 contigs, encontrados 39 SSR’s e desenhados 21 primers. Para HDT832/2 foram analisados também 77 contigs, encontrados 35 SSR’s e desenhados 29 primers. Os motivos mais frequentes foram di, tri e tetra, sendo AT o mais frequente entre os genótipos. Esta busca de sequências repetitivas é de grande importância para futura validação e aumento desses marcadores para estudos de diversidade genética.