Hatay ilinde yetişen Cucurbitaceae familyasına ait kültür bitkilerinde bazı virüslerin DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleriyle saptanması ve moleküler karakterizasyonu

Abstract

Amaç: Bu çalışmada, Hatay ilinde yetiştirilen hıyar, kabak ve kavun bitkilerinde cucurbit yellow stunting disorder virus (CYSDV), cucurbit chlorotic yellows virus (CCYV) ve beet pseudo-yellows virus (BPYV)’lerinin Double Antibody Sandwich-Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay (DAS-ELISA) ve Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) yöntemleriyle belirlenmesi, elde edilen virüs izolatlarının filogenetik ilişkilerinin ortaya konulması amaçlanmıştır. Yöntem ve Bulgular: Hatay ilinden simptomlu ve simptomsuz 90 adet hıyar, kabak ve kavun örneği toplanmıştır. CCYV’nin varlığını araştırmak için DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleri, CYSDV ve BPYV’lerinin varlığını araştırmak için ise RT-PCR yöntemi kullanılmıştır. Gözlenen en yaygın simptomlar yapraklarda küçülme, deformasyon, yaprak kırışıklıkları, kıvrılmalar ve damar açılmalarıdır. DAS-ELISA testi sonuçlarına göre testlenen örneklerde CCYC bulunamamıştır. RT-PCR analizleri sonucunda testlenen örneklerde BPYV ve CCYV bulunamamış ancak CYSDV’nin heat shock protein 70h (HSP70h) genini çoğaltan 364 bp büyüklüğünde PCR amplikonları 11 örnekte (9 kabak, 2 kavun) elde edilmiştir. Bu ürünlerden 10 tanesinin doğrudan iki yönlü sekans analizi sonucunda, elde edilen nükleotit dizilerinin gen bankasında kayıtlı CYSDV izolatları ile yüksek oranda (%99) benzerlik gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışma ile CYSDV ilk defa Hatay ilinde kabak ve kavun bitkilerinde rapor edilmiştir. Genel Yorum: Hatay ili kabak ve kavun alanlarından toplanan örneklerde CYSDV ilk kez tespit edilmiştir. Testlenen örneklerinin hiçbirinde BPYV ve CCYV belirlenememiştir. Testlenen örneklerin %12.22 oranında CYSDV ile enfekteli bulunması, sağlıklı bitki materyallerinin kullanılmasının önemini göstermektedir. Çalışmanın Önemi ve Etkisi: Hatay ilinde ilk kez bu çalışma ile kabak ve kavun bitkilerinde CYSDV’ünün varlığı, RT-PCR analizleri ile kanıtlanmıştır.