Abstract
At early stages of carcinogenesis, the regulatory regions of some tumor suppressor genes become aberrantly methylated at RCGY sites, which are substrates of DNA methyltransferase Dnmt3. Identification of aberrantly methylated sites in tumor DNA is considered to be the first step in the development of epigenetic PCR test systems for early diagnosis of cancer. Recently, we have developed a GLAD-PCR assay, a method for detecting the R(5mC)GY site in the genome position of interest even at significant excess of DNA molecules with a non-methylated RCGY site in this location. The aim of the present work is to use the GLAD-PCR assay to detect the aberrantly methylated R(5mC)GY sites in the regulatory regions of tumor suppressor genes (brinp1, bves, cacna2d3, cdh11, cpeb1, epha7, fgf2, galr1, gata4, hopx, hs3st2, irx1, lrrc3b, pcdh10, rprm, runx3, sfrp2, sox17, tcf21, tfpi2, wnt5a, zfp82, and znf331) in DNA samples obtained from gastric cancer (GC) tissues. The study of the DNA samples derived from 29 tumor and 25 normal gastric tissue samples demonstrated a high diagnostic potential of the selected RCGY sites in the regulatory regions of the irx1, cacna2d3, and epha7 genes; the total indices of sensitivity and specificity for GC detection being 96.6% and 100%, respectively.
Highlights
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИРЕФЕРАТ На ранних стадиях канцерогенеза опухолевая ДНК подвергается аберрантному метилированию регуляторных областей ряда генов-онкосупресcоров по сайтам RCGY, служащих субстратом для ДНКметилтрансферазы Dnmt.
Цель настоящей работы состояла в определении аберрантно метилированных сайтов R(5mC)GY в регуляторных областях генов-онкосупрессоров (brinp, bves, cacna2d3, cdh, cpeb, epha, fgf, galr, gata, hopx, hs3st, irx, lrrc3b, pcdh, rprm, runx, sfrp, sox, tcf, tfpi, wnt5a, zfp и znf331) в препаратах ДНК из тканей рака желудка с помощью GLAD-ПЦР-анализа.
Ранее мы применили метод GLAD-ПЦР для изучения метилирования генов-онкосупрессоров в тканях колоректального рака и выявили аберрантное метилирование сайтов RCGY в генах fbn, cnrip, adhfe, ryr, sept9I и eid более чем в 75% образцов опухолевой ДНК [12, 13].
Summary
РЕФЕРАТ На ранних стадиях канцерогенеза опухолевая ДНК подвергается аберрантному метилированию регуляторных областей ряда генов-онкосупресcоров по сайтам RCGY, служащих субстратом для ДНКметилтрансферазы Dnmt. Цель настоящей работы состояла в определении аберрантно метилированных сайтов R(5mC)GY в регуляторных областях генов-онкосупрессоров (brinp, bves, cacna2d3, cdh, cpeb, epha, fgf, galr, gata, hopx, hs3st, irx, lrrc3b, pcdh, rprm, runx, sfrp, sox, tcf, tfpi, wnt5a, zfp и znf331) в препаратах ДНК из тканей рака желудка с помощью GLAD-ПЦР-анализа. Ранее мы применили метод GLAD-ПЦР для изучения метилирования генов-онкосупрессоров в тканях колоректального рака и выявили аберрантное метилирование сайтов RCGY в генах fbn, cnrip, adhfe, ryr, sept9I и eid более чем в 75% образцов опухолевой ДНК [12, 13]. Цель данной работы состояла в применении GLAD-ПЦР-анализа для обнаружения аберрантно метилированных сайтов R(5mC)GY в регуляторных областях генов-онкосупрессоров в ДНК из тканей РЖ. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ Материалом для анализа служили образцы ДНК, выделенные из опухолей слизистой желудка, полученных от 29 пациентов в ходе оперативного вмешательства. На заключительной стадии в реакционную смесь вносили компоненты ПЦР до следующих концентраций в конечном объеме 60.0 мкл: 1× SE-буфер GLAD (50 мМ Трис-SO4 (pH 9.0), 30 мМ KCl, 10 мМ [NH4]2SO4), 3 мМ MgCl2, смесь dNTP по 0.2 мМ каждого, 0.1 мкг/мкл БСА, соответствующую смесь двух праймеров и зонда по 0.4 мкМ каждого, 0.05 ед. акт
Sign-in/Register to view highlights & summary 
Published Version (
Free)
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callDisclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
