Genotipado por secuenciación de variedades tradicionales de Theobroma cacao (Malvaceae) del Estado de Tabasco, México

Abstract

Antecedentes: Se identificaron polimorfismos de nucleótidos únicos (SNPs) en Theobroma cacao mediante genotipados por secuenciación. En este documento se comparte por primera vez un conjunto de resultados relacionados con la variabilidad genética y naturaleza de regiones conservadas codificantes de secuencias nucleotídicas reducidas de variedades nativas mexicanas de cacao.
 Hipótesis: La obtención de genomas reducidos mediante enzimas de restricción (REs) de especímenes de T. cacao permite caracterizar polimorfismos de nucléotidos únicos (SNPs) así como regiones conservadas codificantes (CDs).
 Especie en estudio: Theobroma cacao L. (Malvaceae)
 Sitio de estudio y fechas: Las varetas de T. cacao provienen de distintas parcelas agroforestales tradicionales situadas en los municipios de Cárdenas, Huimanguillo, Comalcalco, Paraíso, Jalpa de Méndez y Cunduacán, Tabasco, así como los municipios de Ixtacomitán y Pichucalco, Chiapas, México; y fueron recolectadas e injertadas entre mayo y junio de 2018.
 Métodos: Se realizó un genotipado por secuenciación para la caracterización de biobancos, complementado con estudios computacionales de caracterización molecular taxonómica y regiones codificantes, así como evolución mínima de transcritos proteicos.
 Resultados: Las muestras de T. cacao poseen distintos porcentajes de SNPs (2 - 11 %) y los análisis de evolución molecular calcularon probabilidades máximas compuestas similares. Se observaron secuencias conservadas en las regiones codificantes de los genomas que predicen ontologías heurísticas reagrupadas evolutivamente en cinco clústeres relacionadas con procesos de transcripción y metabolismo secundario.
 Conclusiones: El método GBS permite identificar SNPs en cacao. La caracterización de genomas reducidos determinó la correlación estructural y transcripcional entre muestras y el genoma de referencia del cacao Criollo.