Abstract
Objective of the study was genetic typing of the strains and nucleic acid isolates of causative agents of natural focal infections, both bacterial and viral etiology, accumulation of data on genetic features of regional strains circulating in the Stavropol Territory . Material and methods. To study the genetic spectrum of causative agents of natural- focal infections, analysis of the strains and nucleic acids isolates detected in the samples of field and clinical material was carried out. Indication of causative agents of natural focal infections in the samples was carried out by PCR. For genetic typing of the strains and DNA/RNA isolates of natural focal infections agents, MLVA and sequencing of genome regions with subsequent phylogenetic analysis were used. The analysis of territorial distribution of the causative agent genetic variants and mapping was performed in ArcGIS 10.1. Results and conclusions. MLVA-25 typing of 20 strains of Francisella. tularensis, MLVA-10 typing of 4 Coxiella burnetii isolates, species identification of 20 isolates of Rickettsia sp., sub-species genetic typing of 40 RNA isolates of CCHF virus and 8 RNA isolates of hantaviruses circulating in the Stavropol Territory in 2016-2017 were performed. The studied strains of F. tularensis belong to eight MLVA genotypes. They are mainly confined to specific areas. The isolates of C. burnetii have the same MLVA type. Rickettsia, belonging to 5 species: R. massiliae R. raoultii, R. sibirica, R. aeschlimannii, R. slovaca, RNA-isolates of hantavirus of the «Tula» genotype and variants of the CCHF virus of the Europe-1 and Europe-3 genotypes were identified. The obtained data can be used in the epidemiological investigation of possible cases of infectious diseases to determine the source and pathways of infection.
Highlights
Эпидемиологическая обстановка по природно-очаговым инфекционным болезням в Южном, Северо-Кавказском и Крымском федеральных округах в 2015 г.: аналитический обзор
Эпидемиологическая обстановка по природно-очаговым инфекционным болезням в Южном и Северо-Кавказском федеральном округах в 2016 г
Молекулярное типирование штаммов Francisella tularensis методом мультилокусного анализа вариабельности числа тандемных повторов
Summary
Генетическое профилирование возбудителей природно-очаговых инфекций, циркулирующих на территории Ставропольского края. Цель работы – проведение молекулярно-генетического типирования штаммов и изолятов нуклеиновых кислот возбудителей природно-очаговых инфекций бактериальной и вирусной этиологии, накопление данных о генетических особенностях региональных штаммов, циркулирующих на территории Ставропольского края. Для изучения генетического спектра возбудителей природно-очаговых инфекций проводили анализ штаммов и изолятов нуклеиновых кислот возбудителей, выявленных в образцах полевого и клинического материала. Для генетического типирования штаммов и изолятов ДНК/РНК возбудителей природно-очаговых инфекций использовали методы MLVA-типирования и секвенирования участков генома с последующим филогенетическим анализом. Анализ территориального распространения генетических вариантов возбудителей природно-очаговых инфекций и построение карт выполняли в программном обеспечении ArcGIS 10.1. Выполнены: MLVA-25 типирование 20 штаммов Francisella tularensis; MLVA-10 типирование 4 изолятов Coxiella burnetii; видовая идентификация 20 изолятов ДНК Rickettsia sp.; субвидовое типирование 40 РНК-изолятов вируса ККГЛ и 8 РНК-изолятов хантавирусов, циркулировавших на территории Ставропольского края в 2016–2017 гг. Genetic Profiling of the Causative Agents of Natural-Focal Infections, Circulating in the Stavropol Territory
Sign-in/Register to view highlights & summary Sign-in/Register to access full text options 
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callDisclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
