Abstract
Plant virus ecology began to be explored at the end of the 19th century. Since then, major advances have revealed complex virus-host-vector interactions in a variety of environments. These advances have been accelerated by development of new technologies for virus detection and characterization, the latest of which being high-throughput sequencing (HTS). HTS technologies have proved to be effective for non-targeted characterization of all or nearly all viruses present in a sample without requiring prior information about virus identity, as would be needed for virus-targeted tests. Phytoviromic studies have thus made important advances, including characterization of the complex interactions between phytovirus dynamics and the structure of multi-species host communities, and documentation of the effects of anthropogenic ecosystem simplification on plant virus emergence and diversity. However, such studies must overcome challenges at every stage, from plant sampling to bioinformatics analysis. This review summarizes major advances in plant virus ecology, in association with technological developments, and presents key considerations for use of HTS in the study of the ecology of phytovirus communities.
Highlights
L'écologie des virus végétaux a commencé à être explorée à la fin du XIXe siècle
This review summarizes major advances in plant virus ecology, in association with technological developments, and presents key considerations for use of high-throughput sequencing (HTS) in the study of the ecology of phytovirus communities
Les avancées récentes de l’écologie des phytovirus, qui sont potentiellement transférables à l’écologie des virus animaux et humains, s’inscrivent dans une histoire riche de presque un siècle et demi d’échanges conceptuels et techniques entre la virologie végétale et la virologie vétérinaire et humaine
Summary
La pandémie mondiale liée au SARS-CoV-2 a révélé les faiblesses de nos connaissances actuelles en écologie virale [1]. Le domaine de l'écologie des phytovirus examine les interactions complexes entre les virus associés aux plantes, leurs hôtes, leurs vecteurs, ainsi que les environnements dans lesquels ils interagissent L'étude des virus nécessite des méthodes et des outils hautement spécialisés, ce qui explique pourquoi les écologues ont d'abord concentré leurs efforts sur des organismes plus facilement observables et pourquoi l'histoire de l'écologie des virus de plantes a été largement influencée par les développements technologiques. Au cours de la première moitié du XXème siècle, des découvertes ont également été réalisées sur la circulation des virus entre les réservoirs sauvages et le compartiment cultivé [18], ainsi que sur la présence d’infections virales asymptomatiques chez de nombreuses plantes sauvages [19]. Les stades intimes des interactions plantes-virus-vecteurs ont été illustrés en 1951 par la démonstration qu'un virus peut influencer la biologie de son vecteur, ce dernier étant préférentiellement attiré par des plantes infectées plutôt que par des plantes saines [27]
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