Abstract
Aim. To evaluate the functional annotation of genes associated with rheumatoid arthritis with different parameters of the ClueGO Cytoscape tool. Materials and methods. Genes of susceptibility to rheumatoid arthritis were extracted from publicly available database GWAS (catalog of associations of single nucleotide polymorphisms with diseases). The Gene Ontology (GO), the functional annotation of genes, was performed using Cytoscape ClueGO. The features of the functional annotation using the plugin ClueGO Cytoscape were analyzed. Results. Depending on the initial parameters specified in the plugin, the grouping of terms according to the gene ontology was carried out with a different degree of generalization. A smaller minimum number of genes in a group allows to form a larger number of groups, which makes it possible to obtain more detailed functional characteristics. Conclusion. The results obtained with different grouping options can be useful for further studies of genetic mechanisms of rheumatoid arthritis.
Highlights
Depending on the initial parameters specified in the plugin, the grouping of terms according to the gene ontology was carried out with a different degree of generalization
The results obtained with different grouping options can be useful for further studies of genetic mechanisms of rheumatoid arthritis
Чтобы возможности классификации Gene Ontology (GO) были применимы к конкретному набору данных, существуют специализированные инструменты, особое место среди них занимает ClueGO Cytoscape [3], так как позволяет работать одновременно с несколькими списками данных и с сетями
Summary
Ассоциированных с ревматоидным артритом, при разных параметрах инструмента ClueGO Cytoscape. Гены предрасположенности к ревматоидному артриту были извлечены из публичной базы данных GWAS (каталог ассоциаций однонуклеотидных полиморфизмов с заболеваниями). Генная онтология (Gene Ontology, GO) – функциональная аннотация генов была произведена с помощью алгоритма, реализованного в Cytoscape ClueGO. Рассмотрены особенности выполнения функциональной аннотации с помощью плагина ClueGO при разных условиях формирования функциональных групп. Меньшее минимальное число генов в группе позволяет сформировать большее число групп, что дает возможность получить более детальную функциональную характеристику. Полученные варианты результатов функциональной аннотации могут быть востребованы для дальнейших исследований генетических механизмов ревматоидного артрита. Ключевые слова: функциональная аннотация генов, ревматоидный артрит, GWAS, Cytoscape. Автор декларирует отсутствие явных и потенциальных конфликтов интересов, связанных с публикацией настоящей статьи. Автор заявляет об отсутствии финансирования при проведении исследования. Особенности функциональной аннотации генов предрасположенности к ревматоидному артриту при использовании Cytoscape. Siberian State Medical University 2, Moscow Trakt, Tomsk, 634050, Russian Federation
Sign-in/Register to view highlights & summary Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callDisclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
