Estudo preliminar sobre a extensão do desequilíbrio de ligação e estimativas de autozigose em bovinos leiteiros da raça Gir

Abstract

Genótipos de 25 touros usados em inseminação artificial foram utilizados para estudar a extensão do desequilíbrio de ligação (LD) e a correspondência entre estimadores de endogamia baseados na informação de pedigree e de SNP da raça Gir no Brasil. No total, 24.020 SNPs tiveram frequências do alelo menor (MAF) maiores que 5 % e foram usados para calcular duas medidas de LD (r² and D’) para todos os pares de marcadores em cada autossomo. LD também foi utilizado para estimar o tamanho efetivo populacional (Ne) da população ancestral em diferentes gerações passadas. Coeficientes de endogamia individuais (F) foram estimados usando informação genealógica (Fped, pedigree de 9 gerações) ou informação de marcadores. As estimativas de F baseadas em marcadores foram obtidas com base no excesso de homozigose (Fhet) em marcadores SNP e a proporção estimada do genoma localizada em trilhas de homozigose (runs of homozigosity, Froh). O LD médio entre marcadores adjacentes de todos os autossomos foi de aproximadamente 0,20 e 0,75, estimado de acordo com as estatísticas r2 e D’. Nesta amostra analisada da raça Gir, verificou-se a existência de LD potencialmente útil para seleção genômica (r²>0,30) no caso de pares de marcadores separados por até 100kb. O tamanho efetivo populacional apresentou uma tendência consistente de queda ao longo do tempo, chegando abaixo de 56 nas últimas três gerações. Uma fraca correspondência entre as estimativas de endogamia individuais baseadas nas trilhas de homozigose e pedigree foi verificada neste estudo (correlações estimadas entre Fped e Froh variaram de 0,32 a 0,42). Os presentes resultados sugerem a possibilidade de aplicação da seleção genômica na raça Gir no Brasil, mas são necessários mais estudos sobre a extensão do desequilíbrio de ligação usando uma maior amostra desta população.