Abstract
Long-distance interaction plays an important role in the regulation of eukaryotic genes. Chromatin structure is involved in the process, but the role of histone modifications has not been studied. In the present work, the role of acetylation Н4K16 (Н4K16-Ac) to enhancer-promoter communication (EPC) was analyzed. This modification is associated with euchromatin and is involved in the decompaction of chromatin fibers. We have shown that the effect of H4K16-Ac on EPC in vitro depends on the level of chromatin assembly. EPC in chromatin, which lacks nucleosomes at random positions on DNA, is inhibited in the presence of H4K16-Aс. At the same time, EPC in chromatin, in which nucleosomes occupy all available positions on DNA, is somewhat stimulated in the presence of H4K16-Aс.
Highlights
Дистанционные взаимодействия ДНК играют важную роль в регуляции генов эукариот
Проверка ожидаемого позиционирования нуклеосом на используемых матрицах была проведена с использованием метода анализа чувствительности к ферментативному расщеплению
Условия для транскрипции in vitro были оптимизированы для максимального использования хроматиновой матрицы
Summary
Дистанционные взаимодействия ДНК играют важную роль в регуляции генов эукариот. Структура хроматина участвует в этом процессе, но влияние модификаций гистонов детально не изучено. Результаты и обсуждение В настоящей работе нами была использована экспериментальная система in vitro, позволяющая проводить количественный анализ эффективности ЭПВ в физиологических условиях на полинуклеосомных матрицах (рисунок, А) с точно позиционированными нуклеосомами, спонтанно формирующими хроматиновые фибриллы [7, 8]. С использованием разработанной нами ранее транскрипционной системы in vitro, позволяющей количественно оценить скорость ЭПВ на хроматиновой матрице (рисунок, Г), было показано, что при неполном насыщении ДНК нуклеосомами (рисунок, Д, матрица 13-1 – отсутствует один гистоновый октамер из тринадцати), наблюдается ингибирующее действие Н4К16Ац на ЭПВ (рисунок, Д и Е, 13-1). Это согласуется с данными in vivo [17], показывающими, что Н4К16-Ац локализуется внутри относительно небольших участков активного хроматина, по-видимому, открывая доступ транскрипционным факторам к участкам их связывания, а также придавая хроматиновой фибрилле гибкость, подобную «гибкости сустава», для эффективного ЭПВ.
Sign-in/Register to view highlights & summary Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callDisclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
