Development and Testing of the Method for the Detection of Lassa virus RNA, Based on real-Time Polymerase Chain reaction with reverse Transcription

V G Dedkov,M V Safonova,A A Ayginin,A A Kritsky,V V Maleev,J Camara,F Kourouma,A B Camara,B Soropogui,E V Naidenova,M Yu Shchelkanov,N F Magassouba

doi:10.21055/0370-1069-2018-4-39-47

Abstract

Abstract. Objective of the study was the development of a method for the detection and quantitative analysis (realtime RT-PCR) to identify genetic markers of Lassa virus - LASV-Fl. Materials and methods. We utilized all the available in the GenBank database ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ ) Lassa virus sequences that have been aligned to identify conservative sites applying the BioEdit 7.2.5 software package (IbisBiosciences, USA). To test the developed PCR kit, the control panel of Lassa virus RNA and pseudo-viral particles, 27 viral strains belonging to different families, as well as 37 serum samples from patients with feverish diseases selected in medical institutions of the Republic of Guinea in 2016-2018 and 55 samples of organ suspensions from multi-spiked mice were used. Results and discussion. The analytical sensitivity of the method varied from 10 3 copies/ml to 10 5 copies/ml and had 96.4 % diagnostic sensitivity, while the analytical and diagnostic specificity was 100 %. It is shown that the developed technique can be successfully introduced into practice for the detection of Lassa virus in the Republic of Guinea, using various types of material from small mammals, including whole blood and organ suspensions of M. natalensis, as well as samples of human blood sera collected 3-7 days after the onset of the disease. It is also suggested that this method can be used for strains of Lassa virus, common not only in Guinea but also in other endemic areas, but this fact must be confirmed in further studies.

Highlights

Partial alignment of Lassa L-gene-virus sequences used for primers and probes designing разработан и оценен ряд ОТ-ПЦР-методов для выявления РНК вируса Ласса
Human blood sera samples used for evaluation of analytical sensitivity of the method
Trappier S.G., Conaty A.L., Farrar B.B., Auperin D.D., McCormick J.B., Fisher-Hoch S.P. Evaluation of the polymerase chain reaction for diagnosis of Lassa virus infection

Summary

Original articles

Разработка метода выявления и количественного анализа (ОТ-ПЦР в реальном времени) для выявления генетических маркеров вируса Ласса – LASV-Fl. Материалы и методы. Для апробации разработанного ПЦР-набора была использована контрольная панель РНК вируса Ласса и псевдовирусных частиц, 27 вирусных штаммов, относящихся к различным семействам, а также 37 образцов сывороток крови от пациентов с лихорадочными заболеваниями, отобранных в лечебных учреждениях Республики Гвинея в 2016–2018 гг., и 55 проб суспензий органов от многососковых мышей. Что разработанная методика может быть успешно применена на практике для обнаружения вируса Ласса в Гвинейской Республике, с использованием различных типов материала от мелких млекопитающих, включая цельную кровь и суспензии органов M. natalensis, а также образцы сывороток крови людей, собранных через 3–7 дней после начала заболевания. Что данный метод может быть использован для штаммов вируса Ласса, распространенных не только в Гвинее, но и на других эндемичных территориях, но данный факт необходимо подтвердить в дальнейших исследованиях. Development and Testing of the Method for the Detection of Lassa Virus RNA, Based on Real-Time Polymerase Chain Reaction with Reverse Transcription

Оригинальные статьи

Материалы и методы

Результаты и обсуждение

Дата изоляции

Faranah отрицательный