Abstract
In our study PCR-temporal temperature gelelectrophoresis (TTGE) and MeltINGENY bioinformatic program were used to analyse the mutations in the genes of melanocortin-1 receptor (MC1R) and pituitary adenylate-cyclase activating polypeptide (PACAP) in cattle. Amplification of target DNA by PCR was performed with GC-clamp primers and non-GC-clamp primers in simplex PCR reactions. The fragments were separated by denaturing polyacrylamide gelelectrophoresis (denaturing agents: high temperature, urea) after PCR reactions.MC1R homozygous individuals were used for the reaction.
 We concluded that MeltINGENY program makes the decision and detection system easier, and more simple as the melting profile of target sequence is determined by the software. In case of MC1R gene, PCR-TTGE method is appropriate for SNP detection, however PACAP gene polymorphism can not be identified by the method, because PACAP mutations are not included in melting domains, therefore PCR-TTGE cannot detect them.
Highlights
We concluded that MeltINGENY program makes the decision and detection system easier, and more simple as the melting profile of target sequence is determined by the software
In case of melanocortin-1 receptor (MC1R) gene, Polimeráz láncreakció (PCR)-temperature gelelectrophoresis (TTGE) method is appropriate for SNP detection, pituitary adenylate-cyclase activating polypeptide (PACAP) gene polymorphism can not be identified by the method, because PACAP mutations are not included in melting domains, PCR-TTGE cannot detect them
Amikor a PCR termék eléri a legalacsonyabb Tm-el rendelkező olvadási tartomány olvadási hőmérsékletét, a termék egyszálúvá kezd válni, ennek hatására a mobilitása jelentősen lecsökken, ezért előfordulhat, hogy az elektroforézis során nem éri el a magasabb olvadásponttal rendelkező olvadási tartományok dentaurációjához szükséges hőmérsékletet vagy denaturálószer koncentrációt (TGGE, denaturáló gradiens gélelektroforézisből fejlesztették ki (DGGE) esetén), a lecsökkent mobilitás miatt nem alakul ki egyedi sávmintázat (TTGE)
Summary
In our study PCR-temporal temperature gelelectrophoresis (TTGE) and MeltINGENY bioinformatic program were used to analyse the mutations in the genes of melanocortin-1 receptor (MC1R) and pituitary adenylate-cyclase activating polypeptide (PACAP) in cattle. A TTGE módszer hasonló a TGGE módszerhez, azonban ebben az esetben nincs hőmérséklet grádiens kialakítva a gélben, hanem az elektroforézis során, meghatározott időközönként növeljük a hőmérsékletet, ezzel biztosítva a mintában található kétszálú DNS molekulák denaturációját (Zoller et al, 2005; Jones és Knapp, 2009). A PCR-TGGE és TTGE módszerek során GC-clamp-et tartalmazó primerek segítségével szaporítják fel a vizsgálni kívánt DNS szakaszokat, ez a struktúra megakadályozza, hogy a denaturáció hatására teljesen elváljon egymástól a DNS molekula két szála. A vizsgálathoz az olvadási pont alapján tervező program segítségével lehet megfelelő primereket tervezni, valamint ez a program képes meghatározni a vizsgált DNS régió olvadási profilját, így a tényleges laboratóriumi munkát megelőzve képet kaphatunk arról, hogy a vizsgálni kívánt mutációnk a legalacsonyabb hőmérsékletű olvadási doménba esik-e, így lehetőség van ezen módszerekkel a kimutatására vagy sem, és ebben az esetben más jellegű módszert kell választani a mutáció detektálásához.
Sign-in/Register to view highlights & summary Sign-in/Register to access full text options 
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callDisclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
