Detection of ‘Candidatus Phytoplasma pyri’ (pear decline agent) in pear trees by different diagnostic procedures in the seasonal course

Abstract

In einem faktoriellen Versuch wurde der Einfluss von drei nukleinsaure-basierten Nachweisverfahren und zwei Probenumfangen auf die Nachweisrate von ‘Candidatus Phytoplasma pyri’ (Birnenverfallserreger) bei drei Birnensorten/Unterlagenkombinationen im Jahresverlauf untersucht. Triebproben wurden in etwa monatlichem Abstand uber einen Zeitraum von 17 Monaten von naturlich infizierten Baumen entnommen. Als Nachweismethoden wurden die nested PCR (nPCR), real-time LAMP (rtLAMP) und in geringerem Umfang real-time PCR (rtPCR) verwendet. Die Probenumfange umfassten zwei Teilprobenmengen, bestehend aus drei bzw. zwei Triebstucken (insgesamt funf) je Baum. Das Nachweisniveau war stark von der getesteten Sorte abhangig. Es war hoch bei der Kreuzungsnummer ‘48–40–95’ (81,4%), aber niedrig bei ‘Conference’ (26,2%) und ‘Xenia’ (19,2%), in deren Wiederholungsbaumen teilweise fur langere Zeitabschnitte keine positiven Nachweise erhalten wurden, was zu insgesamt geringen Nachweisraten fuhrte. In der Summe aller Sorten gab es keine signifikanten Nachweisunterschiede zwischen der nPCR und rtLAMP, dagegen wurden mit der rtPCR signifikant hohere Nachweisraten im Vergleich mit den anderen Nachweisverfahren erzielt. Durch die Untersuchung von beiden Teilproben anstatt nur einer je Baum konnte die Nachweisrate in den meisten Fallen verbessert werden und ergab in der Summe aller Untersuchungen fur die Methoden und Sorten eine Steigerung um 29.4%. Die Nachweisrate variierte im Jahresverlauf in Abhangigkeit von der Methode und der Sorte, die meisten Baume konnten jedoch im Zeitraum Spatwinter bis Anfang Fruhjahr positiv getestet werden, auser bei ‘48–40–95’, in welcher der Erreger fast ganzjahrig nachgewiesen werden konnte. Ein Vergleich des Einflusses der untersuchten Faktoren auf die Nachweisrate ergab fur die Sorte/Unterlage den grosten Effekt, gefolgt von der Methode und dem Probenumfang mit etwa gleich grosen Auswirkungen.