Detección de homología remota de proteínas usando modelos 3D enriquecidos con propiedades fisicoquímicas

Abstract

En este artículo se presenta un nuevo método para la detección de homología remota llamado remote-3DP. Elmétodo remote 3DP se basa tanto en información 3D predicha como en las propiedades fisicoquímicas de losaminoácidos. El método considera tan sólo 10 modelos estructurales para representar una proteína y distinguir loshomólogos remotos de los no remotos en 54 familias SCOP. La baja dimensionalidad de la representación permiteusar diferentes técnicas de clasificación y descubrir cuál funciona mejor para cada familia. En este artículo, semuestra que al incluir una propiedad fisicoquímica junto con la información 3D en un elemento estructural local, dehecho mejora la exactitud de la detección de homología remota. El puntaje ROC para un conjunto de modelos queincluye el índice de hidropatía alcanza un puntaje de 0. 953 para el conjunto de datos SCOP 1.53. Además, se proponeun modelo de ensamble que utiliza las salidas obtenidas para las 10 propiedades y así tomar una decisión consenso.La estrategia consenso alcanza un puntaje ROC de 0.963 sobre el conjunto de datos SCOP 1.53, sobrepasando losmétodos actuales basados en la composición de la secuencia cuya exactitud varía de 0.87 a 0.92.