DESAIN PRIMER PCR SECARA IN SILICO UNTUK AMPLIFIKASI GEN COI PADA KUPU-KUPU Papilio ulysses Linnaeus DARI PULAU BACAN

Suparman Suparman

doi:10.26418/jpmipa.v7i1.17341

Abstract

The insillico research was conducted to produce primer sequence of COI gene in Butterfly species Papilio ulyses from Bacan Island that will be used in gene isolation. The COI sub-unit I is a barcode gene that generally have special purposes in animal identification. It is also available in phyilogenetic analysis. The first step of method is downloading the COI DNA sequence of Papilio ulysses from GeneBank (NCBI). Then the conserve region of COI sequence is identified to determine primer. Primer is designed with primer designer software (Genamics Expression) in two direction of DNA reading frame that are : forward primer (COI Pu-F) and reverse primer (COI Pu-R). The last step is primer confirmation with primer blast tool in NCBI. Primers of COI gene that are produced consist of two, that are CGAAAATGACTTTATTCAACA for forward primer (COI Pu-R) and AGCAGTAATTCCAACAGCTC for reverse primer (COI Pu-R). The optimal temperature of annealing is from 50,740 to 55,740 Celsius with PCR product around 567 base pair long. Key Words : PCR primer, in silico, COI gene, Papilio ulysses, Bacan island.

Highlights

Indonesia merupakan negara yang memiliki sumber kekayaan dan keanekargamana hayati yang tinggi
produce primer sequence of c oxidase I (COI) gene in Butterfly species Papilio ulyses from Bacan Island that will be used in gene isolation
It is also available in phyilogenetic analysis

Summary

HASIL DAN PEMBAHASAN

DNA template/cetakan yang dijadikan acuan pada desain primer adalah sekuen gen COI yang terdapat di genebank Pasangan primer hasil dari software genamic expression selanjutnya diujicoba dengan menggunakan fungsi blast primer yang ada pada NCBI. Fungsi blast ini merupakan simulasi secara insiliko yang menunjukan urutan DNA yang akan dihasilkan bila sepasang primer tersebut digunakan untuk amplifikasi pada saat proses PCR dengan mengikuti profil yang diseting sesuai dengan hasil desain primer tersebut. Hasil blast primer adalah hasil pencarian gen yang telah tersedia di genebank dengan aplikasi yang disediakan oleh website, dalam hal ini website NCBI. Pada hasil kalkulasi persen GC untuk masing-masing primer dengan menggunakan DNA calculator www.biophp yakni sekuen forward primer adalah 28,6 % dan sekuen reverse primer adalah 45%. Perbedaan dan kesamaan pada dua indikator dengan menggunakan aplikasi yang berbeda dan dari seumber yang berbeda dalam pembuatan primer secara insiliko akan mendapatkan hasil yang sedikit perbedaan. Primer Forward dan Reverse (F dan R) yang didesain dengan software genamic expresion

Struktur Sekunder

DNA target gen COI yang dihasilkan merupakan gen parsial yakni hanya

Oxidase Subunit I Of Xycarenus