CONTEMPORARY MOLECULAR-GENETIC METHODS USED FOR ETIOLOGIC DIAGNOSTICS OF SEPSIS

S N Gavrilov,Yu A Savochkina,O Yu Shipulina,V V Maleev,G A Shipulin,T S Skachkova

doi:10.36233/0372-9311-2016-2-91-99

Abstract

Etiologic diagnostics of sepsis is one of the most difficult problems of contemporary medicine due to a wide variety of sepsis causative agents, many of which are components of normal human microflora. Disadvantages of contemporary "golden standard" of microbiologic diagnostics of sepsis etiology by seeding of blood for sterility are duration of cultivation, limitation in detection of non-cultivable forms of microorganisms, significant effect of preliminary empiric antibiotics therapy on results of the analysis. Methods of molecular diagnostics that are being actively developed and integrated during the last decade are deprived of these disadvantages. Main contemporary methods of molecular-biological diagnostics are examined in the review, actualdata on their diagnostic characteristic are provided. Special attention is given to methods of PCR-diagnostics, including novel Russian developments. Methods of nucleic acid hybridization and proteomic analysis are examined in comparative aspect. Evaluation of application and perspectives of development of methods of molecular diagnostics of sepsis is given.

Highlights

Etiologic diagnostics of sepsis is one of the most difficult problems of contemporary medicine due to a wide variety of sepsis causative agents, many of which are components of normal human microflora
Methods of molecular diagnostics that are being actively developed and integrated during the last decade are deprived of these disadvantages
Main contemporary methods of molecular-biological diagnostics are examined in the review, actual data on their diagnostic characteristic are provided

Summary

FISH рРНК c ПНКзондами

Отдельные тесты: стрептококки группы B, Listeria monocytogenes, Neisseria gonorrhoeae, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae. Диагностическая чувствительность и специфичность тест-системы Prove-it, определенные по результатам анализа гемокультур, полученных от 2107 пациентов, в двухцентровом исследовании составили 95 и 99% соответственно. Тест-система FilmArray позволяет детектировать порядка 25 таксономических групп патогенов (включая несколько видов грибов рода Candida) и 4 гена резистентности (к метициллину, ванкомицину и карбапенемам), панель может быть расширена для одновременной детекции порядка 100 мишеней [34]. В настоящее время коммерчески доступны 8 тестов Hyplex для этиологической диагностики нозокомиальных инфекций, включая инфекции, вызываемые полирезистентными штаммами возбудителей. Одно из последних клинических исследований тестсистемы Hyplex MRSA plus для идентификации метициллин-резистентных Staphylococcus aureus (MRSA) выявило 100% чувствительность и специфичность при нормировании на результаты микробиологической диагностики [7]. Тест-система Xpert MRSA/SA BC представляет собой полностью автоматизированное закрытое решение на аппаратной базе GeneXpert, предназначенное для дифференцированной диагностики MRSA и метициллин-чувствительного Staphylococcus aureus (MSSA) в гемокультурах. Идентификация по базе данных точек плавления с помощью ПО SeptiFast Identification Software

Гибридизация ампликонов с высокоспецфичными зондами

Результаты клинических исследований в настоящее время недоступны

РОЛЬ ФАКТОРОВ ВРОЖДЕННОГО ИММУНИТЕТА В ПАТОГЕНЕЗЕ ПАРОДОНТИТА

ROLE OF INNATE IMMUNITY FACTORS IN PERIODONTITIS PATHOGENESIS