Codificación de las inserciones-deleciones en el análisis filogenético de secuencias génicas

Abstract

El concepto general de homología filogenética significa que un carácter es cualquier aspecto del fenotipo o genotipo que varía dentro del grupo de estudio. En las secuencias cada base corresponde a una hipótesis de homología transformacional o táxica dependiendo si los nucleótidos varían o no en cada posición. Desde el punto de vista teórico, la dificultad de asignar un código apropiado para las indels estriba en que éstas se pueden interpretar como un artificio o como información filogenética (homología táxica y transformacional). Una revisión de los distintos códigos que se emplean para el análisis de las indels indicó que los seis códigos usados son: (1) ambiguas, (2) excluidas, (3) quinto estado, (4) presencia/ausencia, (5) diferente longitud/varios estados y (6) diferente longitud/varios caracteres. Cada uno de estos códigos se evaluó en la reconstrución de hipótesis filogenéticas con una matriz de 20 secuencias del gen de ARN ribosomal del hongo fitopatógeno Rhizoctonia solani. Los efectos se midieron en términos de los cambios en homoplasia, topológicos, de resolución y en el número de árboles. Los efectos son distintos dependiendo del código empleado. El efecto más radical es causado por la codificación de las indels como diferentes caracteres para diferentes longitudes. Los análisis cladísticos con secuencias génicas deben incorporar una fase de evaluación de los efectos de distintos códigos para las indels dado que potencialmente son informativas. Palabras clave: sistemática molecular, análisis de caracteres, homología, indels, análisis cladísticos.