Clinical validity of an automated DNA amplification system for diagnosis of pulmonary tuberculosis

Abstract

The Cobas Amplicor ™ PCR system used to detect Mycobacterium tuberculosis and diagnose pulmonary tuberculosis was compared to the culture results of this bacterium. Antituberculous treatment was taken into account to assess the clinical validity of a fast automated PCR based diagnosis. From February 1997 to January 1998, 407 respiratory specimens from 205 patients were examined, including 237 sputa, 110 bronchial aspirates, 24 bronchoalveolar lavages, and 36 gastric aspirates. Patients were classified clinically as having a life-threatening disease (group 1), high probability of tuberculosis (group 2), or low probability of tuberculosis (group 3). Most patients (62%) belonged to the second group. The specificity of the Cobas Amplicor ™ PCR system reached 100% compared to culture or treatment, and the sensitivity of direct staining and PCR was 54% and 88% respectively compared to culture. Three patients had PCR-negative, culture-positive specimens without inhibitors. Inhibitory substances were removed by freezing and/or heating DNA extracts in 7/8 specimens. The impact of PCR results on the decision to treat was low in smear-negative patients (even when tuberculosis was highly suspected) and greater in smear-positive patients. PCR may help confirm the diagnosis of tuberculosis more rapidly than culture, especially in severely ill patients or those with a suspected disease. Évaluer l'intérêt et la sensibilité de la détection par PCR (système Cobas Amplicor ™ ) de Mycobacterium tuberculosis pour le diagnostic de la tuberculose pulmonaire. De 1997 à 1998, 407 prélèvements respiratoires (205 patients) ont été analysés: 237 expectorations, 110 aspirations bronchiques, 24 lavages bronchoalvéolaires et 36 liquides gastriques. Les patients étaient classés en trois groupes: les patients atteints d'une maladie mettant en jeu le pronostic vital (groupe 1), les patients fortement suspects de tuberculose (62 % des patients, groupe 2), et ceux ayant une faible suspicion de tuberculose (groupe 3). La spécificité du système Cobas Amplicor ™ comparée à la culture et au traitement était de 100 %, celle de l'examen direct et de la PCR de 54 % et 88 % respectivement. Trois patients avaient des prélèvements négatifs en PCR et positifs en culture, sans inhibiteurs. Parmi les huit échantillons contenant des inhibiteurs, la décongélation et/ou le chauffage de l'ADN ont permis de supprimer les inhibiteurs pour sept d'entre eux. Les résultats de la PCR n 'ont pas modifié la décision de traiter les patients dont les prélèvements étaient négatifs à l'examen direct (même quand la suspicion de tuberculose était élevée). L'intérêt de la PCR était plus important pour les patients dont les prélèvements étaient positifs à l'examen direct. Ainsi, la PCR permet de confirmer le diagnostic de tuberculose pulmonaire plus rapidement que la culture, notamment pour les patients atteints d'une affection mettant en jeu le pronostic vital.