Abstract
Aim. Analysis of the arp gene internal fragment nucleotide sequences variability in modern russian T. pallidum subsp. pallidum strains. Materials and methods. 57 T. pallidum isolates obtained from specialized dermatovenerologic clinics of the Central (Kaluga), the North Caucasus (Stavropol) and the Siberian (Tyva) regions in 2016 — 2017 were used in the study. The sequensing of the arp gene was performed using capillary electrophoresis technology. Results. A two-round amplification of the arp gene have been proposed, which ensures a correct reading of its internal region. Four variants of 60-nucleotide repeats in the internal arp fragment are described, which differing in 6, 8 and 15 — 17 codons compositions. Various combinations of these repeats, corresponding to the reference Nichols strain, globally distributed Street 14 genogroup, and the firstly described Stavropol regional variant are shown. Conclusion. The prospect of arp gene sequencing as a way to increase T. pallidum molecular typing efficiency is postulated.
Highlights
acidic repeat protein (Arp) GENE NUCLEOTID SEQUENCES VARIABILITY IN RUSSIAN TREPONEMA PALLIDUM ISOLATESAim. Analysis of the arp gene internal fragment nucleotide sequences variability in modern russian T. pallidum subsp
Harper K.N., Liu H., Ocampo P.S. et al The sequence of the acidic repeat protein gene differentiates venereal from nonvenereal Treponema pallidum subspecies, and the gene has evolved under strong positive selection in the subspecies that causes syphilis
Summary
Aim. Analysis of the arp gene internal fragment nucleotide sequences variability in modern russian T. pallidum subsp. В наибольшей степени этот подход оказался востребованным при анализе эпидемиологии некультивируемых патогенов, ярким примером которых является возбудитель сифилиса — Treponema pallidum subsp. На основании двух из них — генов arp и tprII — в 1998 году был предложен первый метод молекулярного типирования T. pallidum subsp. Многолетний опыт использования CDC-метода заставил констатировать ряд ограничений его дискриминирующей способности, в том числе связанных с выраженным доминированием вариантов T. pallidum subsp. Соответственно секвенирование гена arp вместо рутинной детекции ПЦР-продуктов его амплификации представляется перспективным направлением совершенствования CDC-метода, приводящим молекулярное типирование T. pallidum subsp. В этой связи, целью настоящего исследования явился анализ вариабельности нуклеотидных последовательностей внутреннего фрагмента гена arp у современных российских штаммов T. pallidum subsp. В этой связи, целью настоящего исследования явился анализ вариабельности нуклеотидных последовательностей внутреннего фрагмента гена arp у современных российских штаммов T. pallidum subsp. pallidum, выполненный с использованием технологии капиллярного секвенирования (по Сенгеру)
Sign-in/Register to view highlights & summary Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callMore From: Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology
Disclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
