Application of Multigene Panel Testing in Patients With High Risk for Hereditary Colorectal Cancer: A Descriptive Report Focused on Genotype-Phenotype Correlation.

Abstract

The genetic test solely based on the clinical features of hereditary colorectal cancer has limitations in clinical practice. This study aimed to analyze the results of comprehensive multigene panel tests based on clinical findings. This was a cross-sectional study based on a prospectively compiled database. The study was conducted at a tertiary hospital. A total of 381 patients with high risk for hereditary colorectal cancer syndromes were enrolled between March 2014 and December 2019. The primary outcome was to describe the mutational spectrum based on genotype-phenotype concordance and discordance. Germline mutations were identified in 89 patients for polyposis hereditary colorectal cancer genes (76 in APC; 4 in PTEN; 4 in STK11; 3 in BMPR1A; 1 in POLE; 1 in POLD1), 89 patients for nonpolyposis hereditary colorectal cancer genes (41 in MLH1; 40 in MSH2; 6 in MSH6; and 2 in PMS2), and 12 patients for other cancer predisposition genes (1 in ATM; 2 in BRCA1; 1 in BRCA2; 1 in BRIP1; 1 in MLH3; 1 in NBN; 1 in PMS1; 1 in PTCH1; 1 in TP53; and 2 in monoallelic MUTYH). If we had used direct sequencing tests of 1 or 2 major genes based on phenotype, 48 (25.3%) of 190 mutations would not have been detected due to technical differences (12.1%), less frequent genotype (4.2%), unclear phenotype (3.7%), and genotype-phenotype discordance (4.7%). The genotype-phenotype discordance is probably linked to compound heterozygote, less distinctive phenotype, and insufficient information for colorectal cancer risk. This study included a small number of patients with insufficient follow-up duration. A comprehensive multigene panel is expected to identify more genetic mutations than phenotype-based direct sequencing, with special utility for unclear phenotype or genotype-phenotype discordance. See Video Abstract at http://links.lww.com/DCR/B844. ANTECEDENTES:La prueba genética basada únicamente en la característica clínica del cáncer colorrectal hereditario tiene limitaciones en la práctica clínica.OBJETIVO:Este estudio tuvo como objetivo analizar el resultado de pruebas integrales de panel multigénico basadas en hallazgos clínicos.DISEÑO:Este fue un estudio transversal basado en una base de datos recopilada prospectivamente.AJUSTE:El estudio se realizó en un hospital terciario.PACIENTES:Se inscribió un total de 381 pacientes con alto riesgo de síndromes de cáncer colorrectal hereditario entre marzo del 2014 y diciembre del 2019.PRINCIPALES MEDIDAS DE RESULTADO:El resultado principal fue describir el espectro mutacional basado en la concordancia y discordancia genotipo-fenotipo.RESULTADOS:Se identificaron mutaciones de la línea germinal en 89 pacientes para genes de cáncer colorrectal hereditario con poliposis (76 en APC; 4 en PTEN; 4 en STK11; 3 en BMPR1A; 1 en POLE; 1 en POLD1), 89 pacientes para genes de CCR hereditario sin poliposis (41 en MLH1; 40 en MSH2; 6 en MSH6; y 2 ​​en PMS2) y 12 pacientes por otro gen de predisposición al cáncer (1 en ATM; 2 en BRCA1; 1 en BRCA2; 1 en BRIP1; 1 en MLH3; 1 en NBN; 1 en PMS1; 1 en PTCH1; 1 en TP53; y 2 ​​en MUTYH monoalélico). Si hubiéramos utilizado pruebas de secuenciación directa de uno o dos genes principales basados ​​en el fenotipo, 48 (25,3%) de 190 mutaciones no se habrían detectado debido a diferencias técnicas (12,1%), genotipo menos frecuente (4,2%), fenotipo poco claro (3,7%) y discordancia genotipo-fenotipo (4,7%). La discordancia genotipo-fenotipo probablemente esté relacionada con el heterocigoto compuesto, el fenotipo menos distintivo y la información insuficiente para el riesgo de cáncer colorrectal.LIMITACIONES:Este estudio incluyó una pequeña cantidad de pacientes con una duración de seguimiento insuficiente.CONCLUSIONES:Se espera que un panel multigénico completo identifique más mutaciones genéticas que la secuenciación directa basada en el fenotipo, con especial utilidad para la discordancia de fenotipo o genotipo-fenotipo poco clara. Consulte Video Resumen en http://links.lww.com/DCR/B844. Traducción- Dr. Francisco M. Abarca-Rendon).