Abstract
The objective of this study was to characterize and compare antigenic and genetic characteristics of Streptococcus pneumoniae strains isolated from patients with invasive and non-invasive pneumococcal infections (PIs) by using the data of high-throughput sequencing.Materials and methods. A total of 158 S. pneumoniae strains were studied. All of them were isolated during different stages of the PEHASus multicenter study performed in 2015-2020. The data analysis was based on the information about whole-genome sequences of 46 strains isolated during the above study. Real-time PCR methods and high-throughput sequencing (the Illumina platform) were used for identification of serotypes. The SeroBA, PneumoCaT software and PubMLST.org website resources were used in the data processing.Results and discussion. The serotypes of all the studied strains were identified. A number of discrepancies among serotypes in serogroup 6 and one discordant result were revealed by the analysis of whole-genome sequences using 2 programs. The PCR methods were effectively used to characterize serotypes in 87% and 69% of the pathogens of invasive and non-invasive PIs, respectively. The serotypes contained in PCV13 accounted for 59% and 37%, while PPV23 serotypes accounted for 78% and 53% of the strains isolated from patients with invasive and non-invasive PIs, respectively. The data analysis was unable to identify either the dominant sequence type (a total of 81 sequence types have been identified) or clonal complexes, except for serotype 3 strains, thus demonstrating consistency with the data from previous studies suggesting the absence of a well-represented clonal structure of S. pneumoniae associated with pneumococcal meningitis in Russia.Conclusion. The obtained data made it possible to identify the distribution of the circulating serotypes and genetic characteristics of the strains isolated from PI patients, thus being instrumental for assessment of the effectiveness of the existing polyvalent vaccines and providing information for improvement of the PCR-based methods of serotyping.
Highlights
Депонирование нуклеотидных последовательностей, обработка результатов секвенирования с обозначением аллелей и сиквенс-типов, а также анализ данных мультилокусного секвенирования-типирования (МЛСТ) с помощью программных модулей BURST и Genome Comparator проводили с использованием интернет-ресурса PubMLST.org1 [9]
Группе ccST-505 соответствует обозначенная в исследовании [3] клональная группа СС180 — один из наиболее распространённых в России клональных комплексов S. pneumoniae, выделенных в 1980–2017 гг
The serotypes contained in PCV13 accounted for 59% and 37%, while PPV23 serotypes accounted for 78% and 53% of the strains isolated from patients with invasive and non-invasive pneumococcal infections (PIs), respectively
Summary
Антигенная и генетическая характеристика штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных от больных инвазивными и неинвазивными пневмококковыми инфекциями, с использованием высокопроизводительного секвенирования. Аннотация Цель работы заключалась в характеристике и сопоставлении данных об антигенных и генетических свойствах полученных с помощью высокопроизводительного секвенирования штаммов Streptococcus pneumo niae, выделенных от больных инвазивными и неинвазивными формами пневмококковой инфекции (ПИ). Исследовано 158 штаммов S. pneumoniae, выделенных при проведении различных этапов многоцентрового исследования «ПеГАС» в 2015–2020 гг. При анализе данных использовалась информация о полногеномных последовательностях 46 штаммов, выделенных ранее в том же исследовании. Позволяющие определить распределение циркулирующих серотипов и генетические характеристики штаммов, выделенных от больных ПИ, что даёт возможность оценить эффективность существующих поливалентных вакцин и предоставляет информацию для коррекции основанных на ПЦР способов серотипирования. Авторы заявляют об отсутствии внешнего финансирования при проведении исследования.
Sign-in/Register to view highlights & summary Sign-in/Register to access full text options 
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a call
